Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,627,499 | C→T | 6.5% | intergenic (+30/+36) | PP_1421 → / ← PP_1422 | sensor histidine kinase TctE/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,627,499 | 0 | C | T | 6.5% | 819.8 / 31.4 | 261 | intergenic (+30/+36) | PP_1421/PP_1422 | sensor histidine kinase TctE/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (135/109); new base T (6/11); total (141/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GGCAGTGGGTTAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCG > NC_002947/1627350‑1627648 | gTTAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCcgc < 2:1865880/150‑1 (MQ=255) gTTAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCcgc < 2:5448299/150‑1 (MQ=255) ttAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCcgcg > 2:4583645/1‑150 (MQ=255) ttAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCcgcg > 1:3283990/1‑150 (MQ=255) ggCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAg < 2:143657/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAgg < 2:234775/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCACGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGTCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTGAGCGAGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCTCCCCTTTCATGGGCTCCCCCGCGAAAggg < 2:4673622/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAggg < 1:1173379/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAggg < 2:2831806/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAggg < 2:7181194/150‑1 (MQ=255) tcgacaTCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAgggg > 2:2177540/6‑150 (MQ=255) ggCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGc < 2:6604890/150‑1 (MQ=255) ggCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGc > 2:7335803/1‑150 (MQ=255) ggCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGc < 1:292396/150‑1 (MQ=255) ggCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGGGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGc < 2:2638594/150‑1 (MQ=255) gCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCGCGGGTGAGCCCATGAAAGGGGCg < 2:3625254/150‑1 (MQ=38) cGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCGCGGGTGAGCCCATGAAAGGGGCGa < 2:1838776/150‑1 (MQ=38) gATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCggc > 2:4449886/1‑148 (MQ=255) 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agaTCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTa < 1:6367907/150‑1 (MQ=255) agaTCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTa < 2:6433849/150‑1 (MQ=255) tGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCGCGGGTGAGCCCATGAAAGGGGCGacac > 1:5027465/1‑136 (MQ=37) tGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCt > 1:7347367/1‑150 (MQ=255) tCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCa < 1:7071228/150‑1 (MQ=255) 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ggCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCg < 2:2497937/150‑1 (MQ=255) gagaAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGAcc > 1:1091761/1‑150 (MQ=255) gaAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCCTGGGCTCACCCGCGCAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCCGTTCATCGACCTc > 2:5669047/1‑150 (MQ=255) aaGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTCTCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTcc < 2:29305/150‑1 (MQ=255) aaGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTcc < 1:2518825/150‑1 (MQ=255) 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tttATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGa < 2:5996127/150‑1 (MQ=255) ttATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCcagca < 1:1323447/108‑1 (MQ=255) ttATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCcagca > 2:1323447/1‑108 (MQ=255) tATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATg < 1:2097528/150‑1 (MQ=255) ggATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTa > 2:1148920/1‑150 (MQ=255) gATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTGAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCg < 1:6899868/150‑1 (MQ=255) 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tCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATg > 2:4197154/1‑150 (MQ=255) gCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCGCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCCGCCAATGGc > 1:149747/1‑150 (MQ=255) gCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCGCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGGGCCAAACGGCCACCCCAGATGGCGGTCCGCCGgcggcgcggcggctggg > 2:5372057/1‑143 (MQ=255) ccccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGcc > 1:3748462/1‑150 (MQ=255) ccccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGcc > 1:1832283/1‑150 (MQ=255) cccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCCGCGCAGCCAATGGCCg > 2:6675561/1‑150 (MQ=255) ccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCgg > 2:5322637/1‑150 (MQ=255) ccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCgg > 1:6404313/1‑150 (MQ=255) ccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCgg > 2:50892/1‑150 (MQ=255) ccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCgg > 1:2677153/1‑150 (MQ=255) cTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGt > 2:5222514/1‑150 (MQ=255) tttCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTg > 1:4397822/1‑150 (MQ=255) tttCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTg > 1:5082295/1‑150 (MQ=255) aTGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGc < 2:5193380/150‑1 (MQ=255) aTGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGc < 2:4067500/150‑1 (MQ=255) tGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGcc > 1:4629094/1‑150 (MQ=255) ggCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCcg < 2:249046/150‑1 (MQ=255) ggCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCcg > 1:4076328/1‑150 (MQ=255) cTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCcgcg > 1:614169/1‑150 (MQ=255) | GGCAGTGGGTTAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCG > NC_002947/1627350‑1627648 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |