| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,627,500 | T→G | 6.2% | intergenic (+31/+35) | PP_1421 → / ← PP_1422 | sensor histidine kinase TctE/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,627,500 | 0 | T | G | 6.2% | 898.8 / 30.0 | 262 | intergenic (+31/+35) | PP_1421/PP_1422 | sensor histidine kinase TctE/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/109); new base G (6/11); total (142/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GTTAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGC > NC_002947/1627358‑1627649 | gTTAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCcgc < 2:5448299/150‑1 (MQ=255) ttAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCcgcg > 2:4583626/1‑150 (MQ=255) gggCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGaaa < 2:445852/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAg < 2:143657/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAg < 1:4385481/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAgg < 2:234775/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAggg < 1:1173379/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAggg < 2:2831806/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAggg < 2:7181194/150‑1 (MQ=255) tcgacaTCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAgggg > 2:2177540/6‑150 (MQ=255) tGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAgggg > 2:4191756/1‑150 (MQ=255) ggCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGc > 2:7335803/1‑150 (MQ=255) ggCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGc < 2:6604890/150‑1 (MQ=255) ggCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGc < 1:3620562/150‑1 (MQ=255) cGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCGCGGGTGAGCCCATGAAAGGGGCGa < 2:1838776/150‑1 (MQ=38) gATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGac > 2:6041481/1‑150 (MQ=255) gATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGac > 1:6783137/1‑150 (MQ=255) tCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGacac < 1:2856474/150‑1 (MQ=255) cGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCAc > 2:6863110/1‑131 (MQ=255) cGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCAc < 1:6863110/131‑1 (MQ=255) cGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGAcaca > 2:1862215/1‑150 (MQ=255) ttGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAgggg < 1:15808/141‑1 (MQ=255) ggCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGAGGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCt < 1:279319/150‑1 (MQ=255) cGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCGCGGGTGAGCCCATGAAAGGGGCGACACAGGcaaa < 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gggCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCGCGGGTGAGCCCATGAAAGGGGCGACACAg < 2:4863250/134‑1 (MQ=37) ggCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAgcg < 1:3240859/150‑1 (MQ=255) ggCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGAGTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTCCAGCTCAgcg > 2:4221131/1‑150 (MQ=255) gcACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCaa < 2:3165427/150‑1 (MQ=255) gcACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCaa > 2:5311076/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAACGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACa > 1:5049269/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATg > 1:5193380/1‑150 (MQ=255) tGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGc > 2:1560453/1‑150 (MQ=255) cAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCcgc < 2:5166463/150‑1 (MQ=255) cAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCcgc < 1:2760824/150‑1 (MQ=255) 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aaGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTCTCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTcc < 2:29305/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGt < 1:3360027/150‑1 (MQ=255) gcgggtgcgggtGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGcc > 2:3430196/1‑150 (MQ=255) ggtgcgggtgAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCaaa < 2:3039252/150‑1 (MQ=255) ggtgagggtgagCTGTATCGCGGATTGATGGTTTGCATGTGTCGCACCTTTCATGGGCTCACCCGAGAAAGGGGCGAAACAGGCTGGTACAGCTCAGCGAAACATTATCCGCGCCTCAAGCAGTTCATCGACATCCAGCTCTGTGCaaaa < 2:1110766/150‑1 (MQ=255) 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ccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCgg > 1:2677153/1‑150 (MQ=255) ccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGAACTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCgg > 1:6404225/1‑150 (MQ=255) cTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGt > 2:5222514/1‑150 (MQ=255) aTGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGc < 2:4067500/150‑1 (MQ=255) ggCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCcg < 2:249046/150‑1 (MQ=255) ggCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCcg > 1:4076328/1‑150 (MQ=255) cTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCcgcg > 1:614169/1‑150 (MQ=255) tCACCCGCTATTGGGTCGACACAGGCTGGTACATCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCgcgc < 1:6396914/150‑1 (MQ=255) tCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGTGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCgcgc > 1:464225/1‑150 (MQ=255) tCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCgcgc < 2:2761376/150‑1 (MQ=255) tCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCgcgc > 1:680767/1‑150 (MQ=255) tCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCgcgc > 1:2971769/1‑150 (MQ=255) tCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCgcgc > 2:357148/1‑150 (MQ=255) | GTTAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACCCTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGC > NC_002947/1627358‑1627649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |