| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,630,198 | G→T | 7.1% | intergenic (+30/+27) | PP_1425 → / ← nadB | hypothetical protein/L‑aspartate oxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,630,198 | 0 | G | T | 7.1% | 965.3 / 41.4 | 324 | intergenic (+30/+27) | PP_1425/nadB | hypothetical protein/L‑aspartate oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (162/133); new base T (9/16); total (171/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.37e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
GTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTG > NC_002947/1630050‑1630347 | tGGGGGAACGCCAGGGTTTACCTCTGGATGCGGTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAGGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCGTAGATCGTGACCGGGTGCGCTGCTGCGCGGGCGAGCCcgc > 2:3494353/1‑150 (MQ=255) tGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCcgc < 1:3102034/150‑1 (MQ=255) ggggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGa > 2:1147002/1‑150 (MQ=255) ggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGTGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAg < 2:2440384/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAg < 2:6462999/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAg < 1:2411736/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAg > 1:7373694/1‑150 (MQ=255) aaaGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCTCGCCCGCGAAgaa < 1:5070433/150‑3 (MQ=255) aaaGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGc > 2:5767360/1‑150 (MQ=255) aaaGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGc < 2:4301573/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCac > 1:6657840/1‑150 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCTCGCCCGCGAAga < 1:2110692/144‑2 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCacga > 1:5881377/1‑150 (MQ=255) aGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCacgac > 2:3078830/1‑150 (MQ=255) gtATACCTCAGGATGCGCTGGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGGGGGTGGGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGGGTTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTGGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGcc < 2:664204/150‑1 (MQ=255) aCCTCTGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGTTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGata < 1:4236338/150‑1 (MQ=255) cTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATc > 1:1589190/1‑150 (MQ=255) tCAGGTTGCGCTTGGGGCTGACGAGCATGGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCGGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCa < 1:6794037/150‑1 (MQ=255) 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tGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGgt > 1:6338656/1‑150 (MQ=255) gACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGgtg > 1:4601815/1‑150 (MQ=255) gAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTcc > 1:342082/1‑150 (MQ=255) gAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTcc > 1:2556907/1‑150 (MQ=255) gAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGATAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTcc > 1:561601/1‑150 (MQ=255) 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GTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTG > NC_002947/1630050‑1630347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |