| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,630,199 | A→C | 15.2% | intergenic (+31/+26) | PP_1425 → / ← nadB | hypothetical protein/L‑aspartate oxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,630,199 | 0 | A | C | 15.2% | 746.0 / 75.8 | 323 | intergenic (+31/+26) | PP_1425/nadB | hypothetical protein/L‑aspartate oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (163/102); new base C (9/45); total (172/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
GTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTGC > NC_002947/1630050‑1630348 | ggggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGa > 2:1147002/1‑150 (MQ=255) ggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAg < 2:6462999/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAg < 1:2411736/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAg > 1:7373694/1‑150 (MQ=255) gAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTCCTTCGCGGGCTCGCCCGCGAAga < 1:6526602/150‑2 (MQ=255) aaaGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCTCGCCCGCGAAgaa < 1:5070433/150‑3 (MQ=255) aaaGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGc > 2:5767360/1‑150 (MQ=255) aaaGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGc < 2:4301573/150‑1 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCTCGCCCGCGAAga < 1:2110692/144‑2 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCacga > 1:5881377/1‑150 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCacga > 1:5969882/1‑150 (MQ=255) aGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCacgac > 2:3078830/1‑150 (MQ=255) gtATACCTCAGGATGCGCTGGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGGGGGTGGGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGGGTTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTGGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGcc < 2:664204/150‑1 (MQ=255) ataCCTCAGGATGCGGTTGGGGCTGACGAGCTTGGGCGCTTGCGGGTGGGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGCGCCGGGCATAGATCGAGACGGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGa < 1:6086373/150‑1 (MQ=255) cTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATc > 1:1589190/1‑150 (MQ=255) cTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATc > 2:5171198/1‑150 (MQ=255) tCAGGTTGCGCTTGGGGCTGACGAGCATGGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCGGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCa < 1:6794037/150‑1 (MQ=255) tCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCa > 2:1807447/1‑150 (MQ=255) 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ttggggCTGACGAGCTTCGGCGGTTGCGGGTGCGTTTGAAGTCCCGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGCGCCGGGAATAGATCGCGACCGGTTTAGCTTCTGCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTaa < 1:2954947/148‑1 (MQ=255) ggggCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAgg < 2:3029620/150‑1 (MQ=255) cggACGAGCATGGGCGGTTGTGGGTGGGGTTGCCGTTCCGCCGGCGGCGGTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGCGCCCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATgg < 2:5300601/148‑1 (MQ=255) tGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGgt > 1:6338656/1‑150 (MQ=255) gACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGgtg > 1:4601815/1‑150 (MQ=255) gAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTcc > 1:2556907/1‑150 (MQ=255) gAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTcc > 1:342082/1‑150 (MQ=255) gAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGATAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTcc > 1:561601/1‑150 (MQ=255) cagcGGCGCTTGCGGGTGGGGTTGATTTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGGGTTGAGCCGGGAATAGATCTAGACCGGTTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTg < 2:1004362/147‑1 (MQ=255) cATCGGCGCTTGGGGGTGCGGTTGACGTTCAGCCGGGGGCGGTGGGCTGGGGTGAGCCGGGCATTGATCGAGACGGGGTTTGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTg < 2:4691195/150‑1 (MQ=255) 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ccGGGTTAGCTCCTTCGGGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACa < 2:944026/150‑1 (MQ=255) cGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAg > 1:354165/1‑150 (MQ=255) ggTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTGCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGTCAGGa > 1:4218125/1‑150 (MQ=255) ttAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTGCTTGGGCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACGCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGatc > 2:5284345/1‑150 (MQ=255) aGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGatcat > 2:1922899/1‑150 (MQ=255) 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cttcGCGGGCTCGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGatcatc > 1:7041676/1‑146 (MQ=255) ttcGCGGGCTCGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTc > 1:3065912/1‑150 (MQ=255) ttcGCGGGCTCGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTc > 1:32401/1‑150 (MQ=255) ttcGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTc > 2:4942884/1‑150 (MQ=255) ttcGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTc > 2:6071856/1‑150 (MQ=255) 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gcgGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGc < 2:2260907/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTgc < 2:493451/150‑1 (MQ=255) | GTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTGC > NC_002947/1630050‑1630348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |