| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,731,479 | A→T | 5.9% | L559Q (CTG→CAG) | plsB ← | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,731,479 | 0 | A | T | 5.9% | 1042.2 / 34.0 | 303 | L559Q (CTG→CAG) | plsB | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (163/122); new base T (9/9); total (172/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
GCACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAGGCGGGC > NC_002947/1731330‑1731627 | gCACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCgcagca > 2:6137788/1‑150 (MQ=255) aCCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCagcagc < 2:2880731/150‑1 (MQ=255) gcgTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGcc > 2:4718570/1‑150 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaa < 1:5973099/150‑2 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaa < 1:7195859/150‑2 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAg < 1:206855/150‑1 (MQ=255) gCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGTCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTa < 2:1134546/150‑1 (MQ=255) gCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACCTGGCGCTGCTGCGCCAAGtg < 1:1038050/150‑2 (MQ=255) ccTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTAc < 1:5409824/150‑1 (MQ=255) cTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCCGGTAcc > 2:5959736/1‑149 (MQ=255) cTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa > 2:5384192/1‑150 (MQ=255) cTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa > 1:1474184/1‑150 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAg > 2:2991009/1‑150 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAg < 1:6237762/150‑1 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAg > 1:3619715/1‑150 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAg > 2:4440064/1‑150 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAg > 2:240670/1‑150 (MQ=255) aTCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTc > 2:6652478/1‑150 (MQ=255) 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cTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTcctg > 1:4062156/1‑148 (MQ=255) tCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCCCGTCCAGGGCAAgg > 2:7230154/1‑150 (MQ=255) ggCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAggcg > 2:3331823/1‑150 (MQ=255) accaGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtg > 2:4314498/1‑150 (MQ=255) ccaGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtgg > 1:5505333/1‑150 (MQ=255) 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cAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTACGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGtt > 2:6984599/1‑150 (MQ=255) aGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTg < 1:1686930/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCgg < 2:790725/150‑1 (MQ=255) tGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAgg > 2:5781856/1‑87 (MQ=255) tGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAgg < 1:5781856/87‑1 (MQ=255) tGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCggg > 1:4919715/1‑150 (MQ=255) 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gtgtGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAgg > 1:7368896/1‑150 (MQ=255) tgCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTgg > 2:1620077/1‑150 (MQ=255) cggcgAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCg < 1:895367/150‑1 (MQ=255) gcgAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCggg > 1:4434795/1‑150 (MQ=255) gcgAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCggg > 2:6402758/1‑150 (MQ=255) gAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCa > 2:3091415/1‑52 (MQ=255) 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cTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTtctc < 1:5097280/150‑1 (MQ=255) cTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTtctc > 2:6494056/1‑150 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTcc > 1:461551/1‑150 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTcc < 2:4966664/150‑1 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGt < 2:1082529/106‑1 (MQ=255) ggCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCa < 1:5918991/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAg > 1:73978/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAg < 1:1096658/150‑1 (MQ=255) gcagcGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAggcggg > 2:1867858/1‑150 (MQ=255) | GCACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAGGCGGGC > NC_002947/1731330‑1731627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |