Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,785,086 | C→T | 7.4% | intergenic (+54/+52) | PP_1587 → / ← dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,785,086 | 0 | C | T | 7.4% | 327.4 / 12.3 | 112 | intergenic (+54/+52) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/43); new base T (5/3); total (65/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.64e-01 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGG > NC_002947/1784937‑1785234 | aaCCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACtgcgctgcgc < 2:1288975/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACtgcgctgcgc > 1:6724728/1‑150 (MQ=255) aCCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCTCACAGGTACTgcgctgcgct < 2:1158512/150‑1 (MQ=255) 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tggtggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACCGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAcc < 1:3039060/150‑1 (MQ=255) ggtggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCt < 2:3919903/150‑1 (MQ=255) tggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt < 1:6548355/150‑1 (MQ=255) tggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt < 1:2279213/150‑1 (MQ=255) tggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt < 1:5586965/150‑1 (MQ=255) tggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt < 2:660850/150‑1 (MQ=255) gggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgtg < 2:6042297/150‑1 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg < 2:2315947/150‑1 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg < 1:346036/150‑1 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg < 1:7291951/150‑1 (MQ=255) 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acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGc < 2:1344641/141‑1 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGc > 1:1344641/1‑141 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 2:3615555/1‑150 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 1:3607287/1‑150 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 2:1415037/1‑150 (MQ=255) 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tACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGAt > 1:4850930/1‑109 (MQ=255) tACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGAt < 2:4850930/109‑1 (MQ=255) aCTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGAtagg > 1:2497647/1‑64 (MQ=255) aCTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGccc > 2:6141771/1‑150 (MQ=255) ctgcgctgcgCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCg > 1:4327018/1‑150 (MQ=255) ctgcgctgcgCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCg > 2:1637253/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 2:5079088/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 2:5078970/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 1:6044224/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 1:5121810/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 1:4630412/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 1:1425321/1‑150 (MQ=255) tgcgctTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCAccc > 1:2473059/1‑150 (MQ=255) cgctTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTACGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGAGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCgg > 2:4490557/1‑150 (MQ=255) gctTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCggg > 2:2829682/1‑150 (MQ=255) | AACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGG > NC_002947/1784937‑1785234 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |