| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,785,093 | T→G | 7.8% | intergenic (+61/+45) | PP_1587 → / ← dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,785,093 | 0 | T | G | 7.8% | 402.3 / 18.2 | 134 | intergenic (+61/+45) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (80/42); new base G (7/4); total (88/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCC > NC_002947/1784944‑1785241 | aTCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCATGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAAt < 2:3227196/150‑1 (MQ=255) cGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCa < 1:5096032/150‑1 (MQ=255) gTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAg < 2:49256/150‑1 (MQ=255) 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aCTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGAtagg < 2:2497647/67‑4 (MQ=255) aCTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGAtagg > 1:2497647/1‑64 (MQ=255) ctgcgctgcgCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCg > 2:1637253/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 2:5079088/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 1:6044224/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 1:418103/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |