| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,902,202 | A→C | 7.9% | intergenic (‑64/+80) | PP_mr24 ← / ← rdgC | mini‑ykkC regulatory region/recombination‑associated protein RdgC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,902,202 | 0 | A | C | 7.9% | 1010.8 / 56.5 | 303 | intergenic (‑64/+80) | PP_mr24/rdgC | mini‑ykkC regulatory region/recombination‑associated protein RdgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (145/134); new base C (11/13); total (156/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAATTCGGCAAAGGTC > NC_002947/1902053‑1902351 | tCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACt < 2:5814883/150‑1 (MQ=255) tCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACt > 2:7318635/1‑150 (MQ=255) ccAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCATGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACtt < 2:7423160/150‑1 (MQ=255) ccAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACtt < 1:5090013/150‑1 (MQ=255) cAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTg < 1:6329717/150‑1 (MQ=255) ggACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCa < 1:6690350/150‑1 (MQ=255) ggACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCa < 2:5074732/150‑1 (MQ=255) gACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTg < 1:2367652/150‑1 (MQ=37) gACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAg < 2:6284624/150‑1 (MQ=255) aGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCgg < 2:6190434/150‑1 (MQ=255) tgtgtCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGt < 1:5603399/150‑1 (MQ=255) tgtgtCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGt < 2:5415137/150‑1 (MQ=255) gtgtCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGtt < 1:2849539/150‑1 (MQ=255) tcCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTAccc > 2:2717687/1‑150 (MQ=255) tCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGTCTTGCCcgcaa < 1:3210932/150‑3 (MQ=25) tCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTAAACCcgcgc < 1:5350506/150‑2 (MQ=255) cGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCGGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGaa < 2:5905945/150‑1 (MQ=255) tgatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg < 1:3489864/150‑1 (MQ=255) 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aCGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCa > 1:6659368/1‑150 (MQ=255) gcgGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAACACGATTCAGGCCAGc > 1:4273874/1‑150 (MQ=255) gtGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCAttt < 1:1604178/150‑1 (MQ=255) gAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCa > 2:6541081/1‑150 (MQ=255) ggTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATa < 2:3312122/150‑1 (MQ=255) 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tGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCaccacc > 1:2569555/1‑150 (MQ=255) tGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCaccacc > 1:3773326/1‑150 (MQ=255) ggC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAg > 1:7007734/1‑150 (MQ=255) tt‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGcc < 2:5570421/150‑1 (MQ=255) gcgCGGGTAAACCCGCGCCTTCAACGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGATGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCACGCCAGCACCGGCATTTCATACCAAACAGACCCCTTGCGGAATCTCTACACCACCCACCGcc > 2:2892668/3‑150 (MQ=255) gCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTc > 1:2829481/1‑150 (MQ=38) gCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTc < 1:2717687/150‑1 (MQ=255) gCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTc < 2:4309213/150‑1 (MQ=255) ggCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGaa < 2:830474/150‑1 (MQ=255) ggCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGaa < 2:3116451/150‑1 (MQ=255) gCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAAc > 1:4785735/1‑150 (MQ=255) aaGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACGTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAg > 2:1382944/1‑150 (MQ=255) aCCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCAc > 1:543538/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCAcc > 1:911962/1‑150 (MQ=255) gcCTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCa > 1:4486476/1‑150 (MQ=255) ccggCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAg < 2:6909361/147‑1 (MQ=255) cTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAgg > 2:4783459/1‑150 (MQ=255) tGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCATAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAgc < 1:4033337/128‑1 (MQ=255) tGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGa > 1:6439695/1‑150 (MQ=255) tGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGa > 1:3615417/1‑150 (MQ=255) gCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAAGAGCACCGGCAGGaa > 1:6025411/1‑150 (MQ=255) aaGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAAtt > 2:1139078/1‑150 (MQ=255) aaGGGCTTACCACTTGCAGGCGCGGGTAAACCCGCGAAGAGGCCGGAGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCCGCACCTCCATTTCAAACCAAACAGACCCCTTGCGGAATCTCATCACCACCCAGCGCCACGAACAGCACCGCCAGGACtt > 2:3447587/1‑150 (MQ=255) gtggTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCCGGAATTCg > 2:1045030/3‑150 (MQ=255) aaCCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAATTCGGCaaa > 1:2460423/2‑150 (MQ=255) cACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAATTCGGCAAAGGt > 1:838700/1‑150 (MQ=255) cACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAATTCGGCAAAGGt > 2:2307152/1‑150 (MQ=255) | GATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGC‑‑CTT‑GCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAATTCGGCAAAGGTC > NC_002947/1902053‑1902351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |