| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,972,198 | T→A | 6.5% | intergenic (+76/+43) | PP_1762 → / ← yciK | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,972,198 | 0 | T | A | 6.5% | 560.8 / 19.4 | 177 | intergenic (+76/+43) | PP_1762/yciK | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/55); new base A (2/9); total (111/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TGTTCCTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATCAGGTACAGGTACACCGGCATGATCTCTTCGGGCAGCGGGTTGTTCTGCGGGTTCT > NC_002947/1972049‑1972347 | tgttcctgGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCcct < 2:5168396/150‑1 (MQ=255)acgagatcatgccggtgtacctgtccctgatggggccggacagcacaggggtgaccgggcaggcgttcaacgcccaataaacctgcatCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCcct > 2:4436539‑M1/89‑150 (MQ=255)aagagatcatgccggtgtacctgtacctgatggggccggacagcacaggggtgaacgggcaggcgttcaacgcccaataaacctgcatCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCAGGGCGCAACCCTCAAGGATTGCGCcct > 1:1332461‑M1/89‑150 (MQ=255) 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TGTTCCTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATCAGGTACAGGTACACCGGCATGATCTCTTCGGGCAGCGGGTTGTTCTGCGGGTTCT > NC_002947/1972049‑1972347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |