Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,171,636 | T→A | 6.2% | intergenic (‑488/‑293) | PP_5483 ← / → PP_1921 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,171,636 | 0 | T | A | 6.2% | 1197.3 / 42.2 | 358 | intergenic (‑488/‑293) | PP_5483/PP_1921 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (144/190); new base A (11/12); total (155/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
CACTTTTTTCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCTGTCGAG > NC_002947/2171488‑2171785 | ttttttCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAg > 1:7025575/1‑150 (MQ=255) ttttttCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAg > 2:7072558/1‑150 (MQ=255) ttttttCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAg > 2:5395255/1‑150 (MQ=255) ttCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCggg < 2:1610861/150‑1 (MQ=255) ttCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCggg < 2:7118823/150‑1 (MQ=255) ttCCCCGGGGGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGACACGACCCGCTCCTGGAGCggg < 1:5122644/150‑1 (MQ=255) ccGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCTGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCAGGAGCgggtcgt < 1:5468568/150‑5 (MQ=255) ccGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGgatga < 1:5747567/150‑1 (MQ=255) 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tttAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagggagtagggagtaggga < 2:548285/150‑1 (MQ=255) ttAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGtagggagtagggagtagggagtagggag > 1:4658829/1‑150 (MQ=255) gATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGagtagggagtagggagtagggagtaggg > 2:2009934/1‑150 (MQ=255) gCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAg < 2:4004215/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAg < 1:6183850/150‑1 (MQ=255) 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ttATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGATCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGgc > 2:6080299/1‑150 (MQ=255) tgtgAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGcgcg > 2:1655072/1‑150 (MQ=255) tgAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCggg < 2:2701293/150‑1 (MQ=255) gAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGt > 1:6705570/1‑150 (MQ=255) aCGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCAgcgcttcgccc < 2:5985276/150‑8 (MQ=255) cGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAg > 1:353580/1‑150 (MQ=255) atcccGCTCCAGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgt > 2:896584/3‑92 (MQ=255) tcccGCTCCAGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGt > 1:1442572/2‑144 (MQ=255) tcccGCTCCAGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGAt > 1:6271150/2‑150 (MQ=255) cccGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGga < 2:4055729/129‑1 (MQ=255) cccGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGAtt < 1:5649009/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCAGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGt < 1:2593048/80‑1 (MQ=255) cccGCTCCAGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGt > 2:2593048/1‑80 (MQ=255) ccGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTc > 1:2822657/1‑150 (MQ=255) gCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCTg > 1:1847636/1‑150 (MQ=255) | CACTTTTTTCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAGAAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCTGTCGAG > NC_002947/2171488‑2171785 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |