| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,545,803 | T→A | 9.3% | intergenic (+24/+25) | PP_2232 → / ← PP_2233 | XRE family transcriptional regulator/isochorismatase family hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,545,803 | 0 | T | A | 9.3% | 916.0 / 58.5 | 288 | intergenic (+24/+25) | PP_2232/PP_2233 | XRE family transcriptional regulator/isochorismatase family hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (134/126); new base A (15/12); total (149/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ATCATCGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAGGGT > NC_002947/2545654‑2545950 | atcatcGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCtgt > 2:4112227/1‑150 (MQ=255) tcatcGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCtgtg < 1:1859073/150‑1 (MQ=255) tcatcGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCtgtg < 1:2057247/150‑1 (MQ=255) 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ttGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCt > 1:5060607/1‑150 (MQ=255) aGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGc > 2:1255776/1‑150 (MQ=255) accTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAAc > 2:523963/3‑150 (MQ=255) cTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAgcc < 2:4065681/124‑1 (MQ=255) cTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAgcc > 1:4065681/1‑124 (MQ=255) tttGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACAt > 1:4212570/1‑118 (MQ=255) tttGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGcc > 1:5375059/1‑150 (MQ=255) tttGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGcc > 2:3870303/1‑150 (MQ=255) tttGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGcc > 1:6874592/1‑150 (MQ=255) tttGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGcc < 1:267935/150‑1 (MQ=255) tttGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCtc < 2:6982322/56‑1 (MQ=25) tttGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGcc > 2:2505436/1‑150 (MQ=255) tttGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCAGCACCTGCTTGCCGTCGAACGcc > 2:4336848/1‑150 (MQ=255) ttGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCa > 2:5354503/1‑150 (MQ=255) ggCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATa > 2:2598925/1‑75 (MQ=255) tgctgTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACCTTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAg < 2:144055/150‑1 (MQ=255) tgctgTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAg > 2:6672760/1‑150 (MQ=255) tgctgTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAg > 2:6501730/1‑150 (MQ=255) tgctgTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAg > 1:1118757/1‑150 (MQ=255) gctgTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAgg > 1:6737340/1‑150 (MQ=255) | ATCATCGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTCTCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCAGGGT > NC_002947/2545654‑2545950 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |