Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,640,436 | T→G | 6.6% | intergenic (+34/+83) | PP_2304 → / ← PP_2305 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,640,436 | 0 | T | G | 6.6% | 1050.8 / 45.0 | 305 | intergenic (+34/+83) | PP_2304/PP_2305 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (162/123); new base G (11/9); total (173/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
CCACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATGAG > NC_002947/2640287‑2640584 | ccACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGt < 2:5624229/150‑1 (MQ=255) cACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTg > 1:4100802/1‑150 (MQ=255) gacgaAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGc < 1:3181207/150‑1 (MQ=255) acgaAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGcc > 2:4192891/1‑150 (MQ=255) cgaAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCt < 2:2087356/150‑1 (MQ=255) aaGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGt < 1:3801653/150‑1 (MQ=255) agagAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGTAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGTAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGtt < 2:4414074/150‑1 (MQ=255) agagAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCACGAGGCGGCCTGtt < 1:6587090/150‑1 (MQ=255) 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cagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGc < 2:6751398/150‑1 (MQ=255) cagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGc < 1:4006295/150‑1 (MQ=255) ccTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACg < 1:1507916/150‑1 (MQ=255) cTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACgg > 2:2527797/1‑150 (MQ=255) tCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTc > 2:3192390/1‑126 (MQ=255) 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gACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCt > 1:5130041/1‑150 (MQ=255) tttGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCa > 2:5498416/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAg < 2:1109298/150‑1 (MQ=255) ccGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAATCAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAgggg > 2:2818151/1‑150 (MQ=255) cGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGt < 1:4846520/150‑1 (MQ=255) 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CCACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATGAG > NC_002947/2640287‑2640584 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |