| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 2,825,589 | 0 | C | T | 7.2% | 979.8 / 42.7 | 317 | intergenic (+398/+114) | PP_2473/PP_2474 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (152/142); new base T (10/13); total (162/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
TGTTATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGG‑TCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGTAAC > NC_002947/2825440‑2825737 | tgtTATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGG‑Tc < 1:1110604/150‑1 (MQ=255) ttATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGG‑TCGa > 1:6832585/1‑150 (MQ=255) aTTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGG‑TCGAAc > 2:5334743/1‑150 (MQ=255) 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2:3160281/1‑150 (MQ=255) ggg‑TCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGt > 2:822860/1‑150 (MQ=255) g‑TCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGTaa < 2:6665716/150‑1 (MQ=255) tCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGTAAc > 2:5733462/1‑150 (MQ=255) | TGTTATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGG‑TCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGTAAC > NC_002947/2825440‑2825737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |