| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,075,468 | 0 | A | T | 5.3% | 973.5 / 25.8 | 277 | intergenic (+44/‑310) | aldB‑II/pqqD‑II | aldehyde dehydrogenase/coenzyme PQQ synthesis protein D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (137/125); new base T (5/10); total (142/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
GAAGTCCGGTGTTGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTC > NC_002947/3075319‑3075617 | tCCGGTGTTGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGc > 2:2615815/1‑150 (MQ=255) tCCGGTGTTGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGc > 2:242979/1‑150 (MQ=255) cGGTGTTGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTg > 1:4455184/1‑150 (MQ=255) 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1:1438123/1‑150 (MQ=255) gCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCg > 1:5026399/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTg < 1:4412029/150‑1 (MQ=255) ccccACAGGTTCTTCACCGGTTCTGGAACCAGCGGTGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTg > 2:5605997/2‑150 (MQ=25) ccACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCaaatg > 2:6319483/1‑63 (MQ=255) cacaGGTTCTTCACCGGTTCTGGAACCAGCGGTGAACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCAt > 1:4006869/1‑150 (MQ=21) cacaGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCAt > 1:2584895/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCAt > 1:4792314/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGGGCAt > 2:1653025/1‑150 (MQ=255) acaGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCAtt > 1:1812165/1‑150 (MQ=255) ggTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAAt < 1:2973597/150‑1 (MQ=255) gTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATg > 1:7173018/1‑150 (MQ=255) ttCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGc > 2:253883/1‑150 (MQ=255) ttCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGc < 1:5116372/150‑1 (MQ=255) tCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGAAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCt < 2:2093536/150‑1 (MQ=255) aCCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTc > 1:2159858/1‑150 (MQ=255) | GAAGTCCGGTGTTGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTC > NC_002947/3075319‑3075617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |