Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,257,489 | T→C | 7.9% | intergenic (+27/+216) | ureG → / ← PP_2851 | urease accessory protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,257,489 | 0 | T | C | 7.9% | 966.5 / 46.1 | 316 | intergenic (+27/+216) | ureG/PP_2851 | urease accessory protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (148/142); new base C (17/8); total (165/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 |
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CGACACCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGCAACAATGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGG > NC_002947/3257342‑3257638 | cgACACCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTcc < 1:6765383/150‑1 (MQ=255) gACACCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCg > 1:5373047/1‑150 (MQ=255) gACACCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCg > 1:5787543/1‑150 (MQ=255) cacCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGca < 1:1587409/150‑1 (MQ=255) cacCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGca < 2:4506587/150‑1 (MQ=255) acCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGcac < 2:3198114/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGTCTCTGTGCGGGCATGTCCGCACag > 2:6997301/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACag > 2:2695672/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACag > 1:4076638/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACag > 2:5898756/1‑150 (MQ=255) cAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACaga < 1:2617120/150‑1 (MQ=255) cAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACaga < 1:732858/150‑1 (MQ=255) cAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACaga < 2:3930655/150‑1 (MQ=255) gcgcATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAgaga > 2:1101603/1‑150 (MQ=255) cGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGTCTCTGTGCGGACATGCCCGCACAGAGTcctcgat < 1:1504701/150‑6 (MQ=39) cGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGAcctcgat < 2:5325487/150‑6 (MQ=255) gCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCa < 1:6077367/150‑1 (MQ=255) ccTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCAcc > 2:1890684/1‑150 (MQ=255) tGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGTGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGGGGCTGGCACCgg > 1:2076482/1‑150 (MQ=255) tGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTGGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCgg < 1:5147147/150‑1 (MQ=255) gACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGct < 2:4076638/150‑1 (MQ=255) gACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGct > 2:4678852/1‑150 (MQ=255) aCCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGctc > 1:4919675/1‑150 (MQ=255) 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ccTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGACACCGGCAGAGCCGgtgcca < 1:5321878/150‑4 (MQ=255) cTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTcg > 2:5151275/1‑150 (MQ=255) tGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGtg < 2:4233116/123‑1 (MQ=255) tGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTcgc > 2:3624647/1‑150 (MQ=255) tGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTcgc > 2:2261757/1‑150 (MQ=255) 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gggCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTa > 1:6307077/1‑150 (MQ=255) aGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCcgc > 1:1069600/1‑150 (MQ=255) aGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCcgc < 2:3388488/150‑1 (MQ=255) ggggTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCcgcg > 1:60074/1‑150 (MQ=255) gggTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGa > 2:4298362/1‑150 (MQ=255) 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ggCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTa > 2:1392541/1‑150 (MQ=255) ggCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTa < 2:2031043/150‑1 (MQ=255) ccGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGTGGCTGACATATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGc < 1:6237769/150‑1 (MQ=255) gATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGcc > 2:251561/1‑150 (MQ=255) aTCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCg > 2:2819667/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |