| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,276,138 | G→C | 5.3% | R313R (CGC→CGG) ‡ | PP_2869 ← | FMN‑binding oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,276,138 | 0 | G | C | 5.3% | 1229.4 / 42.1 | 357 | R313R (CGC→CGG) ‡ | PP_2869 | FMN‑binding oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (165/172); new base C (8/11); total (174/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 367 total aligned reads displayed.
GGGCAAGCCACGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGATGCGCCCGGTGACGAACAGGGGGATAGCCAGCTGTTGCTTGAAGGTGCCAGCCTCGCGGGCCAGGTACGCCGGTTCGATGGCCATCGGTGGCACGATATGGACCGCGCCAC > NC_002947/3275991‑3276286 | ggCAAGCCACGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCgg < 2:4545633/150‑1 (MQ=255) ggCAAGCCACGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTCCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCgg > 1:6012129/1‑150 (MQ=255) gCAAGCCACGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCggg < 2:542586/150‑1 (MQ=255) ccACGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAgg < 2:5818647/150‑1 (MQ=255) ccACGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCCGCGGCCAgg < 1:4489312/150‑1 (MQ=255) cACGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCCGCGGCCAggc < 1:1039384/150‑2 (MQ=255) aCGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGAt < 1:4976488/150‑1 (MQ=255) aCGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGAt > 1:891407/1‑150 (MQ=255) gATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCATCCTGGCCCGCGGCCAggctga < 2:3570602/150‑5 (MQ=255) gATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCa > 1:106881/1‑150 (MQ=255) gATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCa > 1:7437902/1‑150 (MQ=255) gATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCa > 1:2691506/1‑150 (MQ=255) ggAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCt > 2:4053221/1‑150 (MQ=255) ggAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCt > 2:6825868/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCg > 2:3409428/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCg < 2:385670/150‑1 (MQ=255) aaaTGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCg > 1:1457672/1‑150 (MQ=255) tGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCGGGATCAGCTCGGCt > 2:473298/1‑150 (MQ=255) 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ccTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCt > 1:3162623/1‑141 (MQ=255) ccTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGt < 1:2401021/150‑1 (MQ=255) tGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCACGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTg > 2:626988/1‑150 (MQ=255) ggTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGACTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGa > 1:792223/1‑150 (MQ=255) gTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGAt > 1:4653401/1‑150 (MQ=255) 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gCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGATGCGCCCGGTGACGAACAGGGGGATAGCCAGCTGTTGCTTGAAGGTGCCAGCCTCGCGGGCCAGGTACGCCGGTTCGATGGCCATCGGTGGCAc > 1:6382523/1‑150 (MQ=255) acacaTCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGATGCGCCCGGTGACGAACAGGGGGATAGCCAGCTGTTGCTTGAAGGTGCCAGCCTCGCGGGCCAGGTACGCCGGTTCGCTGGCCATCGGTGGCACGa > 2:6417605/1‑150 (MQ=255) acacaTCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGATGCGCCCGGTGACGAACAGGGGGATAGCCAGCTGTTGCTTGAAGGTGCCAGCCTCGCGGGCCAGGTACGCCGGTTCGATGGCCATCGGTGGCACGa > 2:5159499/1‑150 (MQ=255) cacaTCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGATGCGCCCGGTGACGAACAGGGGGATAGCCAGCTGTTGCTTGAAGGTGCCAGCCTCGCGGGCCAGGTACGCCGGTTCGATGGCCATCGGTGGCACGat < 1:3795079/150‑1 (MQ=255) aTCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGATGCGCCCGGTGACGAACAGGGGGATAGCCAGCTGTTGCTTGAAGGTGCCAGCCTCGCGGGCCAGGTACGCCGGTTCGATGGCCATCGGTGGCACGATATg < 1:5430912/150‑1 (MQ=255) 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ccGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGATGCGCCCGGTGACGAACAGGGGGATAGCCAGCTGTTGCTTGAAGGTGCCAGCCTCGCGGGCCAGGTACGCCGGTTCGATGGCCATCGGTGGCACGATATGGACCGCGCCa < 2:6012129/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGATGCGCCCGGTGACGAACAGGGGGATAGCCAGCTGTTGCTTGAAGGTGCCAGCCTCGCGGGCCAGGTACGCCGGTTCGATGGCCATCGGTGGCACGATATGGACCGCGCCAc < 2:307583/150‑1 (MQ=255) | GGGCAAGCCACGATGGAAATGGCCGATGCATGCCTGGTTGCAGGCGATGCAGGCGCGCACGTCTTCGACCTGGCCGCGTTCGGTCTTGGCTGGCATCGACGGATCGCAGATCAGCGCCCGGGTCATGCCGCACACATCAGCCTGGCCGCGGGCCAGGATCAGCTCGGCTTCCTGGGGCTGGTTGATGCGCCCGGTGACGAACAGGGGGATAGCCAGCTGTTGCTTGAAGGTGCCAGCCTCGCGGGCCAGGTACGCCGGTTCGATGGCCATCGGTGGCACGATATGGACCGCGCCAC > NC_002947/3275991‑3276286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |