| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 277,241 | 0 | A | T | 5.9% | 957.4 / 34.5 | 286 | intergenic (‑74/+23) | PP_0223/PP_0224 | DszC family monooxygenase/DszC family monooxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (166/103); new base T (9/8); total (175/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GGGCTTGGGCATCGCTGGTGATGATATTTGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCAC‑AGGAAACTGCGC‑TCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAGGTTG > NC_002947/277092‑277390 | ggCTTGGGCATCGCTGGTGATGATATTGGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCAC‑AGGAAACTGCGC‑TCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCaaa < 2:1332663/150‑1 (MQ=255) gCTTGGGCATCGCTGGTGATGATATTTGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCAC‑AGGAAACTGCGC‑TCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAag > 1:4600552/1‑150 (MQ=255) ttGGGCATCGCTGGTGATGATATTTGTAGTCATGTTGTTCTCAGGGGCAATTGGGGCCGCATAGCGGCACATAGCGACACAATGCCGATCCCAC‑AGGAAACTGCGC‑TCTACTAGTGGGAGCCACCTTGTGGCGCGATTGGCTGCAAagca > 1:2402306/1‑150 (MQ=255) 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gATGGGCTGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGc > 2:5686742/1‑150 (MQ=255) ggCTGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTc > 2:5702563/1‑150 (MQ=255) gCTGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGt < 2:5027542/88‑1 (MQ=255) gCTGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCg > 2:6188503/1‑150 (MQ=255) tGCAATGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCTGATCCAGGAATGCCGCGCAGTCAGGGTGCGGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCTCCGTGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAg < 2:2402306/150‑1 (MQ=255) tGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAg > 1:4931846/1‑150 (MQ=255) tGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAg > 1:7337839/1‑150 (MQ=255) tGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAg > 2:415038/1‑150 (MQ=255) tGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAg > 1:3456141/1‑150 (MQ=255) gCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAgg > 2:2334056/1‑150 (MQ=255) gCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAgg < 1:1054721/150‑1 (MQ=255) gCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTGAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTCCTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCCGTGGCGGTCGAgg > 2:5344373/1‑150 (MQ=255) aaaGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAGGtt > 2:6549704/1‑150 (MQ=255) aaaGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAGGtt > 2:2801709/1‑150 (MQ=255) aaGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAGGTTg > 1:922622/1‑150 (MQ=255) | GGGCTTGGGCATCGCTGGTGATGATATTTGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCAC‑AGGAAACTGCGC‑TCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTCGAGGTTG > NC_002947/277092‑277390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |