| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,469,292 | A→T | 5.7% | S20T (TCG→ACG) | PP_3078 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,469,292 | 0 | A | T | 5.7% | 768.4 / 8.3 | 263 | S20T (TCG→ACG) | PP_3078 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (145/82); new base T (5/14); total (153/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GAAGCTGGCGGCGTAGCGGGGGGCTTCACCGTAGACCGTAAGGGCGTGGGTGGGAGCGGCCTGGACCGTAAAGCCTATGCACGAAAATACAAGCCCCCACAATACTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCGGAGCAGGCAACGAGGTTGT‑CTGGTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGT > NC_002947/3469143‑3469441 | gAAGCTGGCGGCGTAGCGGGGGGCTTCACCGTAGACCGTAAGGGCGTGGGTGGGAGCGGCCTGGACCGTAAAGCCTATGCACGAAAATACAAGCCCCCACAATACTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCGGAGCAGGCAACGa > 2:3010171/1‑150 (MQ=255) aaGCTGGCGGCGTAGCGGGGGGCTTCACCGTAGACCGTAAGGGCGTGGGTGGGAGCGGCCTGGACCGTAAAGCCTATGCACGAAAATACAAGCCCCCACAATACTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCGGAGCAGGCAACGAg < 1:3051366/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCGGCGTAGCGGGGGGCTTCACCGTAGACCGTAAGGGCGTGGGTGGGAGCGGCCTGGACCGTAAAGCCTATGCACGAAAATACAAGCCCCCACAATACTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCGGAGCAGGCAACGAgg < 2:3659266/150‑1 (MQ=255) 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gAGGTTGT‑CTGGTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCgg > 1:1798732/1‑150 (MQ=255) | GAAGCTGGCGGCGTAGCGGGGGGCTTCACCGTAGACCGTAAGGGCGTGGGTGGGAGCGGCCTGGACCGTAAAGCCTATGCACGAAAATACAAGCCCCCACAATACTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCGGAGCAGGCAACGAGGTTGT‑CTGGTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGT > NC_002947/3469143‑3469441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |