Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 284,588 | T→A | 12.4% | intergenic (+34/+29) | betT‑II → / ← atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 284,588 | 0 | T | A | 12.4% | 700.8 / 76.3 | 271 | intergenic (+34/+29) | betT‑II/atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (139/88); new base A (22/12); total (161/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
ACCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCTG > NC_002947/284439‑284736 | gAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGccc < 1:6742383/150‑1 (MQ=255) aGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGT‑CTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCcgc < 2:6833295/150‑1 (MQ=255) gCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCcgc > 1:5131092/1‑150 (MQ=255) 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aGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑Ga > 2:5471327/1‑150 (MQ=255) aaCTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCGGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACa < 2:3192837/150‑1 (MQ=255) tATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGc > 1:4723998/1‑150 (MQ=255) tATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGc > 2:2053624/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCg > 2:4217082/1‑150 (MQ=255) 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ACCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCTG > NC_002947/284439‑284736 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |