Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,649,940 | C→T | 6.9% | intergenic (‑43/+23) | PP_3211 ← / ← PP_3212 | ABC transporter ATP‑binding protein/Rieske 2Fe‑2S family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,649,940 | 0 | C | T | 6.9% | 1034.6 / 45.0 | 331 | intergenic (‑43/+23) | PP_3211/PP_3212 | ABC transporter ATP‑binding protein/Rieske 2Fe‑2S family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (160/148); new base T (9/14); total (169/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
TGTAGGTTTTTTCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCGGGGCGTTGGGCAAGTGTCAGTGGCTGAGGAACACTTCGCTCTCGCCATGGGCTTCAAGCAGACCCAGTAGTTGCCGACGGATAACCAACCCGGGCTTGTCCGATGGCATGTGCAGTTCCACCCTGCGGCGGGTGTCGACACAG > NC_002947/3649792‑3650089 | gTAGGTTTTTTCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGgcgc > 2:4649585/1‑150 (MQ=255) tAGGTTTTTTCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGAAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCa > 2:1850464/1‑150 (MQ=255) gTTTTTTCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCg > 2:123294/1‑150 (MQ=255) gTTTTTTCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCg > 1:4793973/1‑150 (MQ=255) gTTTTTTCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCg < 2:5227751/150‑1 (MQ=255) ttttttCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCgg > 1:5544460/1‑150 (MQ=255) ttttttCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCgg > 2:6929628/1‑150 (MQ=255) ttttttCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCgg > 2:5361152/1‑150 (MQ=255) tttttCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCggg < 2:5857394/150‑1 (MQ=255) ttttCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCgggg < 2:1168999/150‑1 (MQ=255) tttCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCGGGGc > 2:4425391/1‑150 (MQ=255) ccACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATCGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCGGGGCGtt < 1:801932/150‑1 (MQ=255) ccACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCGGGGCGtt > 2:462180/1‑150 (MQ=255) ccACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCGGGGCGtt < 1:3033658/150‑1 (MQ=255) ccACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTACGCCCCGGTGCGCCGGGGcata < 2:1323102/150‑4 (MQ=255) cACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGTGCGCCGGGGcatac < 1:5006388/150‑5 (MQ=255) cACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCGGGGCGTTg < 1:5798050/150‑1 (MQ=255) cACCTGACTGGCGCACAAAGGGGTGTCCACCCCGATGGTGGTCGGCAGGGCCGGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCGCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCGGGGCGTTg < 2:7213530/150‑1 (MQ=255) 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gtggtgTATGCCCCGGCGCACCGGGGCGTTGGGCAAGTGTCAGTGGCTGAGGAACACTTCGCTCTCGCCATGGGCTTCAAGCAGACCCAGTAGTTGCCGACGGATAACCAACCCGGGCTTGTCCGATGGCATGTGCAGTTCCACCCTgcg > 1:2362243/1‑150 (MQ=255) tgtATGCCCCGGCGCACCGGGGCGTTGGGCAAGTGTCAGTGGCTGAGGAACACTTCGCTCTCGCCATGGGCTTCAAGCAGACCCAGTAGTTGCCGACGGATAACCAACCCGGGCTTGTCCGATGGCATGTGCAGTTCCAc < 1:1110867/140‑1 (MQ=255) tGCCCCGGCGCACCGGGGCGTTGGGCAAGTGTCAGTGGCTGAGGAACACTTCGCTCTCGCCATGGGCTTCAAGCAGACCCAGTAGTTGCCGACGGATAACCAACCCGGGCTTGTCCGATGGCATGTGCAGTTCCACCCTGCGGCGGgtgt < 1:4007765/150‑1 (MQ=255) tGCCCCGGCGCACCGGGGCGTTGGGCAAGTGTCAGTGGCTGAGGAACACTTCGCTCTCGCCATGGGCTTCAAGCAGACCCAGTAGTTGCCGACGGATAACCAACCCGGGCTTGTCCGATGGCATGTGCAGTTCCACCCTGCGGCGGgtgt < 2:3031314/150‑1 (MQ=255) gCCCCGGCGCACCGGGGCGTTGGGCAAGTGTCAGTGGCTGAGGAACACTTCGCTCTCGCCATGGGCTTCAAGCAGACCCAGTAGTTGCCGACGGATAACCAACCCGGGCTTGTCCGATGGCATGTGCAGTTCCACCCTGCGGCGGGTGTc < 1:3368369/150‑1 (MQ=255) 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gcgcACCGGGGCGTTGGGCAAGTGTCAGTGGCTGAGGAACACTTCGCTCTCGCCATGGGCTTCAAGCAGACCCAGTAGTTGCCGACGGATAACCAACCCGGGCTTGTCCGATGGCATGTGCAGTTCCACCCTGCGGCGGGTGTCGAcaca < 1:6497136/150‑1 (MQ=255) | TGTAGGTTTTTTCCACCTGATTGGCGAACAAAGGGGTGTCCACACCGATGGTGTTCGGCAGGGCCTGCGGCTGGACGTCGGCCTTGGATAGGGTCTGCATCAACATAGCGCTCTCCCCGTGGGTCATGAGCGGTGGTGTATGCCCCGGCGCACCGGGGCGTTGGGCAAGTGTCAGTGGCTGAGGAACACTTCGCTCTCGCCATGGGCTTCAAGCAGACCCAGTAGTTGCCGACGGATAACCAACCCGGGCTTGTCCGATGGCATGTGCAGTTCCACCCTGCGGCGGGTGTCGACACAG > NC_002947/3649792‑3650089 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |