| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,781,387 | A→C | 11.0% | intergenic (+77/‑66) | PP_3338 → / → PP_3339 | cytochrome bd‑type quinol oxidase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,781,387 | 0 | A | C | 11.0% | 426.9 / 6.6 | 179 | intergenic (+77/‑66) | PP_3338/PP_3339 | cytochrome bd‑type quinol oxidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/107); new base C (11/13); total (59/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCTGCTGGCGATGCCGCTTGACCGT > NC_002947/3781238‑3781536 | gCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCAGCGACAAAAAGGCGcac > 2:4314100/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGcaccac < 1:4813928/150‑1 (MQ=255) gccgccCCAGAGCCAAGGCTTCTTGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGTTGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACgg < 1:1856289/150‑1 (MQ=255) ccccAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGGCTGCGCCAAAAAGGCGCGCCCCggccca > 2:4016303/1‑146 (MQ=255) cAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACCGaaatagt > 1:7301279/1‑145 (MQ=255) agagCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTa < 2:6157943/150‑1 (MQ=255) cgCCATGGCTTATTGGTGGTTGGCACACTGTTCATCCGGCCCTGTTGGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGTTGGCCGCCGGCATGCGCTGCATTTGAGCCCTCGCGGTGGTGCGCCTGCTACAAAACGGCGCACCACGGAACTTGTACa < 2:5745576/149‑1 (MQ=255) caaaGGCTTCATGCTGTTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCTACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCAATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGc < 2:4178915/148‑1 (MQ=255) 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gcACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCTGCTGGCGATGCCGCTTGAcc < 2:4853140/150‑1 (MQ=255) accacGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCTGCTGGCGATGCCGCTTGACCGt < 2:6778332/150‑1 (MQ=255) accacGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCTGCTGGCGATGCCGCTTGACCGt < 2:1050373/150‑1 (MQ=255) | CGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCTGCTGGCGATGCCGCTTGACCGT > NC_002947/3781238‑3781536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |