Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_002947 | 1,560,480 | T→C | K109E (AAA→GAA) | PP_1366 ← | transcriptional regulator MvaT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,560,480 | 0 | T | C | 99.4% | 1139.1 / NA | 323 | K109E (AAA→GAA) | PP_1366 | transcriptional regulator MvaT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (188/132); minor base A (2/0); total (191/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
GAACGCTATTCAATCGGCTGATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTG > NC_002947/1560333‑1560626 | gAACGCTATTCAATCGGCTGATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTGTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTccc > 2:5655146/1‑150 (MQ=255) aCGCTATTCAATCGGCTGATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCAc < 2:2544371/150‑1 (MQ=255) cGCTATTCAATCGGCTGATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCAct < 1:527774/150‑1 (MQ=255) cTATTCAATCGGCTGATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCActct > 2:1530361/1‑150 (MQ=255) tATTCAATCGGCTGATGGCAGATAAACAATAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTACAGGAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCtt > 1:5967486/1‑150 (MQ=255) tATTCAATCGGCTGATGGCAGATAAACAAAATCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTTTTGTGCGAAGGAAGAGGGCGTATGGGGTTAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCtt > 1:1986704/1‑150 (MQ=255) aaTCGGCTGATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCACTGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCACGTGGCTTCCCACTCTTTCAgg > 2:5195430/1‑150 (MQ=255) aaTCGGCTGATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAgg > 1:4475347/1‑150 (MQ=255) 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aaaaCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGt > 1:1892414/1‑150 (MQ=255) aaCGCCGGCACATTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGttt > 1:1260925/1‑150 (MQ=255) aaCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGttt < 1:3503799/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGttt < 2:4731008/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGttt < 1:2574265/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTGGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCCGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCACGTGGCTTCCCACTCGGTCAGGGGGTTGTGGTTGCCGCCTTTGGgtt > 2:5065402/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGCACATTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGtt < 1:693883/135‑1 (MQ=255) aCGCCGGCACATTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGtt > 2:693883/1‑135 (MQ=255) aCGCCGGCACATTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTc > 2:5873198/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTc > 2:5451326/1‑150 (MQ=255) 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2:3228946/1‑150 (MQ=255) acccAAGTGGCTTCCCACTATTTCAGTGTCTTGAGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACAGTTGTGCTTGTTCTTGTATTGCTTGACATTTCGTGCGCTCTTGGTGACGGTATTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGt > 2:12679/2‑150 (MQ=255) ccATGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTGCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTTACGTTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGttt < 2:5298668/150‑1 (MQ=255) ccAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGttt > 1:4374448/1‑150 (MQ=255) ccAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGttt < 1:1830709/150‑1 (MQ=255) ccAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGttt < 1:1530361/150‑1 (MQ=255) cAAGTGGCTTCCCACTCATTCAGTGTCTTGTGGTTGCAGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGAACTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTc < 1:5148999/150‑1 (MQ=255) aaGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCg > 2:1438590/1‑150 (MQ=255) aaGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTAGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTGGTATTGCTTGGCCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTATTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCGCAGGTTCg > 2:1124213/1‑150 (MQ=255) aGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGATTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGa < 1:4014398/150‑1 (MQ=255) | GAACGCTATTCAATCGGCTGATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTG > NC_002947/1560333‑1560626 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |