| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 744925 = | NA (NA) | 424 (1.020) | 187/294 | 0.2 | 96.2% | intergenic (‑587/+44) | PP_0636/PP_0637 | cold shock DNA‑binding domain‑containing protein/transposase |
| ? | NC_002947 | 2559164 = | 17 (0.040) | coding (153/1881 nt) | PP_2240 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein | |||||
Only 100 of 757 total aligned reads displayed.
GTCATTTATACCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGTTTTCGGTTCGCC > NC_002947/2559016‑2559312 | gTCATTTATACCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTc < 2:6377731/149‑1 (MQ=255)atacgtggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttac > 1:4115712‑M2/149‑149 (MQ=255)atacgtggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttac < 1:1506007‑M2/1‑1 (MQ=255)atacgtggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaacagttcgccagagatgccacggtaactttggcttccacctggtggtaggtggggttcatggctcggttac > 2:7361750‑M2/149‑149 (MQ=255) tacgtggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaca < 1:721603‑M2/2‑1 (MQ=255) tacgtggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttggggtcggtggggttcatggatcggttaca > 2:8909153‑M2/148‑149 (MQ=255) aTTTATACCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACt < 1:8121291/149‑1 (MQ=255) ttATACCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGc > 1:8051624/1‑149 (MQ=255) tataCCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCa < 1:5951353/149‑1 (MQ=255) gACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaag > 1:8620670‑M1/1‑144 (MQ=255) aCGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagg < 2:6980226‑M1/149‑7 (MQ=255) cgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAActc < 1:3714655‑M2/17‑1 (MQ=255) cgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAActc < 1:5431684‑M2/17‑1 (MQ=255) aTGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatc < 1:2085649‑M1/149‑11 (MQ=255) cctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTgg < 1:4424896‑M2/20‑1 (MQ=255) gACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatcca > 1:7100581‑M1/1‑137 (MQ=255) tggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGcc > 1:8253362‑M2/128‑149 (MQ=255) cgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCg > 1:8834661‑M2/123‑149 (MQ=255) 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gcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTacac > 2:2416257‑M2/115‑149 (MQ=255) cacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACg > 1:5821075‑M2/114‑149 (MQ=255) cgcgGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaacc > 1:3188399‑M1/1‑118 (MQ=255) cctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTgg > 2:3614264‑M2/110‑149 (MQ=255) cgGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgt > 1:8997212‑M1/1‑116 (MQ=255) catcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGc > 2:3464804‑M2/107‑149 (MQ=255) tcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAg > 2:7125381‑M2/105‑149 (MQ=255) cggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGc > 2:5807999‑M2/104‑149 (MQ=255) aaTACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccac < 2:7518167‑M1/149‑38 (MQ=255) gtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCa < 1:3956190‑M2/48‑1 (MQ=255) tagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAg > 2:3188308‑M2/101‑149 (MQ=255) aCTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctg < 2:6507197‑M1/149‑41 (MQ=255) gcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGtt < 2:4234050‑M2/51‑1 (MQ=255) cAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgatt > 1:7755961‑M1/1‑106 (MQ=255) aGCACGGATACTTACCAAGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCAGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTACATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattc < 2:7683184‑M1/149‑45 (MQ=255) gactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagaggccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTg < 1:4795523‑M2/54‑1 (MQ=255) actacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTgg > 2:730046‑M2/95‑149 (MQ=255) aCGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccg > 1:7331836‑M1/1‑102 (MQ=255) cGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccga > 1:4334144‑M1/1‑101 (MQ=255) ggATACTTACCATGGAACTGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccaccttccaaccgtccacctgattcccgat < 2:6844311‑M1/149‑50 (MQ=255) 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gCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaa < 1:2550622‑M1/149‑115 (MQ=255) gtaggtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCctgctgctg > 2:114761‑M2/26‑149 (MQ=255) cTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaag > 1:5293657‑M1/1‑33 (MQ=255) gtggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTcc > 2:461472‑M2/22‑149 (MQ=255) tggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCCGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGATGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGtt > 2:3376980‑M2/12‑149 (MQ=255) tggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCGCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTAGGCGGCCGATGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGctggt > 2:6142716‑M2/12‑147 (MQ=255) tggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGtt > 2:1954132‑M2/12‑149 (MQ=255) tggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGtt > 2:8460930‑M2/12‑149 (MQ=255) gatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGtttt < 1:8403299‑M2/140‑1 (MQ=255) ggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGTTTTCGGt < 1:5187830‑M2/144‑1 (MQ=255) gCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccccaagccc > 2:2552642‑M1/1‑13 (MQ=255) ttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGTTTTCGGTTc > 1:468017‑M2/4‑149 (MQ=255) ttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGAGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGTTTTCGGTTc > 2:3935159‑M2/4‑149 (MQ=255) taCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGTTTTCGGTTCg < 1:3389668‑M2/147‑1 (MQ=255) tCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccccaagcccgtg < 2:4747714‑M1/149‑140 (MQ=255) tCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccccaagcccgtg > 1:7473059‑M1/1‑10 (MQ=255) aCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGTTTTCGGTTCGc > 1:6685477‑M2/2‑149 (MQ=255) | GTCATTTATACCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGTTTTCGGTTCGCC > NC_002947/2559016‑2559312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |