| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,877,805 | 0 | T | G | 26.2% | 518.7 / 30.7 | 247 | Q443P (CAG→CCG) | PP_3421 | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/137); new base G (58/0); total (110/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-33 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
ATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACTCCAA > NC_002947/3877659‑3877953 | cTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTTCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTtg < 2:7897999/149‑1 (MQ=255) tGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCCCCCCACCC‑CGTTtgg > 1:930237/1‑149 (MQ=255) gATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTtggt < 1:7944812/149‑1 (MQ=255) gATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTtggt < 2:4035561/149‑1 (MQ=255) gATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTtggt < 2:7111968/149‑1 (MQ=255) tGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTtggtgg < 2:7579049/149‑1 (MQ=255) tGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTtggtgg < 1:3111184/149‑1 (MQ=255) tttAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCCGCCCACCC‑AGTTTGGTGGTAAAg > 2:5491804/1‑149 (MQ=255) ttAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCAACCCCCGCCCACCC‑GGGTTGGTGGTtaata > 1:6035568/1‑147 (MQ=255) aaCGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAAc < 2:3475545/149‑1 (MQ=255) aaCGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAAc < 1:5878051/149‑1 (MQ=255) cGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCCGCCCACCC‑GGGTTGGTGGTAAAGAACgg > 2:6479617/1‑149 (MQ=255) tCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCCCCCCCAGCCCCCCC‑GGGTTGGTGGGAAAGAACGGTCGaa > 1:566421/1‑149 (MQ=255) tCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCCGCCCCCCC‑AGTTTGGTGGTAAAGAACGGTGGaa > 1:1624021/1‑149 (MQ=255) tCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑GGTGTGGTGGTAAAGAACGGTCGaa > 2:2118211/1‑149 (MQ=255) gaggCCAGTCGGAAACTTAACGAATCCCTTGTGCCTTGGCCTTCTCTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCTCCC‑TGTTTGGTTGTAAAGAACGGTCGaaa < 2:8587491/146‑1 (MQ=255) cACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGaaa < 2:1654493/149‑1 (MQ=255) cGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCTGCCCCAACCCCCGGCCGCCC‑TGTTTGGTGGTAAAGGAGGGTCGGAAAg > 2:3208249/1‑149 (MQ=255) 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aaaCCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCCGCCCACCC‑CGTGTGGGGGGAAAGAACGGGCGAAAAGCCCTACCCTGCGGCTCTTCg > 2:3515721/1‑149 (MQ=255) aaaCCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCACCCCACCC‑GGTTTGGGGGTAAAGAAACGTCGAAAATCCAAAAGCAGCGGctcatag > 1:5044509/1‑145 (MQ=255) aCCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGtt < 1:3477661/149‑1 (MQ=255) ggtgCCAGGGCCGGCACGGCTGCGGAGCCGGACCGGACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCCGCCCCCCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGc < 2:2522432/148‑1 (MQ=255) tgCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCAACCCCAGCCCACCC‑GGTTTGGTGGTAAAGAACGGGCGGAAAGCCAAACGCAGGTGCTGGTGGTTCATTccc > 2:932150/1‑149 (MQ=255) 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gACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCCCCCCCACCCCACCC‑GGGTTTGTGGTAAAGAAAGGTCGAAAATCCAAAAGCTGCTGCTCGTCGTTCAAGCCC‑ATTCCATTTTAGGACAGGCGCCAAGTCa > 1:7264706/1‑149 (MQ=255) gACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCa < 2:13420/149‑1 (MQ=255) aCCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAg < 1:744283/149‑1 (MQ=255) aCCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAg < 2:8919047/149‑1 (MQ=255) aCCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAg < 1:3156922/149‑1 (MQ=255) 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accagcaccagcCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACg < 1:8768672/149‑1 (MQ=255) accagcaccagcCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACg < 1:760223/149‑1 (MQ=255) cagcaccagcCCCACCCCCAGCCCACCC‑GGTTTGGGGGTAAATAAAGGTCGAAAAGCCATAAGCTGCTGCGCGTCGTTAAAGCCC‑CTGCCAATGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCCGGTGTGACGTACCCCCAAGATACGCa > 2:8964370/1‑149 (MQ=255) agcaccagcCCCACCCCCCCCCCACCC‑AGTTTGGTGGTAAAGAACCGTCGAAAAGCCATACGCTGCAGCGCATAGTTCATTCCC‑GTGCCCATGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTAACACCACGATAAGCaa > 2:1379767/1‑149 (MQ=255) agcaccagcCCCACCCCCAGCCCACCC‑GGTTTTGTGGTAAATAAACGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATTCCC‑GTGCCATTTTCGGACAGGCGCCAAGTCAGGCTGCGCCGGTTTTTACCTAACACCACGATaaccaa > 2:6835207/1‑144 (MQ=255) agcaccagcCCCACCCCCACCCCCCCC‑GGGTTGGTGGTAAAGAACCGTCGAAAAGCCCAAAGCGGCGGCTCGTCGTTCAATCCC‑GTGCCATTGTCGGGCAGGCGCCAAGTCAGGCGGCGCCGGTTGTGACCTACCCCCGCGATACGcca > 2:2640114/1‑147 (MQ=255) caccagcCCCAACCCCAGCCCACCC‑GGTTTGGTGGTAAAAAAAGGTGCAAAATCCAAACGCTGCTTCTCTTCGTTCAATCCC‑ATGCCATTTTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCACGATACGCaaac > 2:2397877/1‑147 (MQ=255) accagcCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCTATACGCAAccg < 2:3730248/149‑1 (MQ=255) ccccACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAAccgcccgc < 1:8953772/149‑1 (MQ=255) cccACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACcgcccgcc < 2:5291314/149‑1 (MQ=255) 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tGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACTCCaa > 1:8058922/1‑149 (MQ=255) tGTTTGGTGGTAAAAAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACTCCaa < 1:7791553/149‑1 (MQ=255) | ATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCC‑TGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTTCATGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACTCCAA > NC_002947/3877659‑3877953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |