| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_002947 | 1,560,802 | C→T | M1M (ATG→ATA) † | PP_1366 ← | transcriptional regulator MvaT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,560,802 | 0 | C | T | 99.1% | 1260.2 / NA | 342 | M1M (ATG→ATA) † | PP_1366 | transcriptional regulator MvaT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (148/190); minor base G (3/0); total (152/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.59e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
GACTTGGAGTACTCGCCCATCAGTGTGCGCAGTTTGCCTTCGAACTCCAGTTCTTTCTTCAGCTTGTCATCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAAGTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCC > NC_002947/1560656‑1560947 | cTTGGAGTACTCGCCCATCAGTGTGCGCAGTTTGCCTTCGAACTCCAGTTCTTTCTTCAGCTTGTCATCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGATATgg > 1:2436572/1‑149 (MQ=255) ttGGAGTACTCGCCCATCAGTGTGCGCAGTTTGCCTTCGAACTCCAGTTCTTTCTTCAGCTTGTCATCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGATATGGa > 2:7270470/1‑149 (MQ=255) tGGAGTACTCGCCCATCAGTGTGCGCAGTTTGCCTTCGAACTCCAGTTCTTTCTTCAGCTTGTCATCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGATATGGAg > 1:4176369/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |