| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_002947 | 4,018,201 | G→A | intergenic (+144/‑36) | mvaB → / → PP_mr44 | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase/CrcZ ncRNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 4,018,201 | 0 | G | A | 99.7% | 1292.1 / ‑5.3 | 344 | intergenic (+144/‑36) | mvaB/PP_mr44 | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase/CrcZ ncRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (154/188); total (155/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |