| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 233,545 | C→T | G548G (GGC→GGT) | PP_0180 → | cytochrome c family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 233,545 | 0 | C | T | 95.2% | 58.4 / ‑3.7 | 21 | G548G (GGC→GGT) | PP_0180 | cytochrome c family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (13/7); total (14/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
GAAGTGATCCTGTTCTACGAGACCCTGTGGCTGCAGGCAGGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGCTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCAAGAGGCCGGTGTGCTGGGCACACGGCCAGT > NC_002947/233420‑233673 | gAAGTGATCCTGTTCTACGAGACCCTGTGGCTGCAGGCAGGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGc < 2:343303/136‑1 (MQ=255) ccTGTTCTACGAGACCCTGTGGCTGCAGGCAGGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTa < 1:149492/136‑1 (MQ=255) gaCCCTGTGGCTGCAGGCAGGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGttcttc > 1:131732/1‑136 (MQ=255) gaCCCTGTGGCTGCAGGCAGGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGttcttc > 1:197991/1‑136 (MQ=255) gaCCCTGTGGCTGCAGGCAGGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGttcttc > 2:227766/1‑136 (MQ=255) tgtgGCTGCAGGCAGGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGCTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTAAGCAt > 1:353674/1‑136 (MQ=255) tgGCTGCAGGCAGGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCa < 1:55614/136‑1 (MQ=255) gcaggcagGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAAcgcc < 2:16940/136‑1 (MQ=255) gcaggcCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCgcgc > 1:110630/1‑136 (MQ=255) aggcCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCgctg > 2:82219/1‑136 (MQ=255) cgccgGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTgc < 1:82219/136‑1 (MQ=255) cgcgACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCgg > 2:267853/1‑129 (MQ=255) cgcgACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCgg < 1:267853/129‑1 (MQ=255) tGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCa > 2:383244/1‑136 (MQ=255) cTGTTGGTGGACCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCAag > 2:65073/1‑136 (MQ=255) ttGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCAAGAgg < 1:174750/136‑1 (MQ=255) gtggGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCAAGAGGCCg > 2:41616/1‑136 (MQ=255) ctggcctggGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCAAGAGGCCGGTGTGc > 2:254318/1‑136 (MQ=255) cctggGTGATTCTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCAAGAGGCCGGTGTGCTggg > 1:396641/1‑136 (MQ=255) cTGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCAAGAGGCCGGTGTGCTGGGCACACGGCCAg > 1:54927/1‑136 (MQ=255) tGCGGGGTTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCAAGAGGCCGGTGTGCTGGGCACACGGCCAGt > 2:152844/1‑136 (MQ=255) | GAAGTGATCCTGTTCTACGAGACCCTGTGGCTGCAGGCAGGCCCCGCCGGGCATCAGGCGGTGCTGGCGGGTGGCGCGACGGCACTGGTGCTGTTGGTGGGCCTGGCCTGGGTGATTCTGCGGGGCTCGGCCAAGCTGCCGCTATCGCTGTTCTTCAGCATCAACGCCGCGCTGCTGTGCGCGCTGTCGGTAGTATTCGCCGGGCATGGCGTGAAGGCGTTGCAAGAGGCCGGTGTGCTGGGCACACGGCCAGT > NC_002947/233420‑233673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |