| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 11,183 | G→A | 14.8% | L27L (TTG→TTA) | dnaN → | DNA polymerase III subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 11,183 | 0 | G | A | 14.8% | 65.0 / 4.3 | 27 | L27L (TTG→TTA) | dnaN | DNA polymerase III subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/9); new base A (2/2); total (16/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
GACCTGATGGCCGTCTGCGCAGCTAATTGAAGGCAAGGGACTAGACCATGCATTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACCGACCTGGAAGTCGAGCTGGTAGGCCGCGTGCAACTGGAAGAGCCGGCCGAGCCTGGCGAGATCACTGTTCCTGC > NC_002947/11056‑11317 | gacCTGATGGCCGTCTGCGCAGCTAATTGAAGGCAAGGGACTAGACCATGCATTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCt < 2:462074/136‑1 (MQ=255) gCCGTCTGCGCAGCTAATTGAAGGCAAGGGACTAGACCATGCATTTCACCATCCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGt > 2:96734/1‑136 (MQ=255) gCTAATTGAAGGCAATGGACTAGACCATGCATTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGt < 1:84926/136‑1 (MQ=255) tAATTGAAGGCAAGGGACTAGACCATGCATTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTAc < 2:364113/136‑1 (MQ=255) tAATTGAAGGCAAGGGACTAGACCATGCATTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTAc < 2:182398/136‑1 (MQ=255) gAAGGCAAGGGACTAGACCATGCATTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGc > 2:446063/1‑136 (MQ=255) aTTTCAGCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTAc > 1:515147/1‑136 (MQ=255) aTTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGt > 1:274980/1‑87 (MQ=255) aTTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGt < 2:274980/87‑1 (MQ=255) aTTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTAc > 1:212718/1‑136 (MQ=255) aTTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTAc > 1:429560/1‑136 (MQ=255) aTTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTAc > 1:426841/1‑136 (MQ=255) aTTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTAc > 1:360315/1‑136 (MQ=255) aCCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACCTATTGCTGGTCGTACAAGGCCCGCAACAGTCGTTGACCGCTAcccccc > 1:444952/1‑132 (MQ=255) aTTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACAGGTACCGACCTgg > 1:369541/1‑136 (MQ=255) tGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACCGACCTGGAAGTCCTGCAGGTTGGccc > 1:322167/1‑135 (MQ=255) gcGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACCGACCTGGAAGTCGAGCTGGTAGGCCGCGTGCAACTGGAAGAgcc < 2:445103/135‑1 (MQ=255) cGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACCGACCTGGAAGTCGAGCTGGTAGGCCGCGTGCAACTGGAAGAgccg > 1:465231/1‑136 (MQ=255) gCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACCGACCTGGAAGTCGAGCTGGTAGGCCGCGTGCAACTGGAAGAgccgg > 1:270187/1‑136 (MQ=255) gCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTACCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTg < 1:93027/75‑1 (MQ=255) gCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTACCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTg > 2:90558/1‑75 (MQ=255) gCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTACCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTg > 2:93027/1‑75 (MQ=255) gCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTACCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTg < 1:90558/75‑1 (MQ=255) cgcCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACCGACCTGGAAGTCGAGCTGGTAGGCCGCGTGCAACTGGAAGAGCCGGCCGAGCCTGGCgaga < 2:212718/136‑1 (MQ=255) cGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACCGACCTGGAAGTCGAGCTGGTAGGCCGCGTGCAACTGGAAGAGCCGGCCGAGCCTGGCGAGATCa > 2:316626/1‑136 (MQ=255) tGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACAGACCTGGAAGTCGAGCTGGTAGGCCGCGTGCAACTGGAAGAGCCGGCCGAGCCTGGCGAGATCACTGTTCCTgc < 2:426841/136‑1 (MQ=255) tGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACAGACCTGGAAGTCGAGCTGGTAGGCCGCGTGCAACTGGAAGAGCCGGCCGAGCCTGGCGAGATCACTGTTCCTgc < 2:429560/136‑1 (MQ=255) | GACCTGATGGCCGTCTGCGCAGCTAATTGAAGGCAAGGGACTAGACCATGCATTTCACCATTCAACGCGAAGCCCTGTTGAAACCCCTGCAACTGGTCGCCGGTGTCGTCGAGCGCCGTCAGACCTTGCCGGTCCTGTCCAACGTATTGCTGGTCGTACAAGGCCAGCAACTGTCGTTGACCGGTACCGACCTGGAAGTCGAGCTGGTAGGCCGCGTGCAACTGGAAGAGCCGGCCGAGCCTGGCGAGATCACTGTTCCTGC > NC_002947/11056‑11317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |