| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,017,306 | G→T | 15.3% | E459* (GAG→TAG) | bcsG → | endoglucanase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,017,306 | 0 | G | T | 15.3% | 81.9 / 2.1 | 26 | E459* (GAG→TAG) | bcsG | endoglucanase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/13); new base T (2/2); total (11/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTGTCCCTGAGCATGGGGCCGCGTTGCATGGTGATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCGGGCCTCGGCCAGCAGCAGGTGCTGGATGTGCCCGGCCTGCTGACCGACCTGCCAACCACCGAGC > NC_002947/3017171‑3017438 | aTTGTCCCTGAGCATGGGGCCGCGTTGCATGGTGATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACg < 1:455398/136‑1 (MQ=255) tgCATGGGGCCGCGTTGCATGGTGATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCGGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCg < 2:184705/135‑1 (MQ=255) aGCATGGGGCCGCGTTGCATGGTGATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCg < 1:79087/136‑1 (MQ=255) ggCCGCGTTGCATGGTGATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACTAGCCGCTGCGGGTCAct > 2:56877/1‑136 (MQ=255) ggCCGCGTTGCATGGTGATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACTAGCCGCTGCGGGTCAct > 2:114492/1‑136 (MQ=255) ggCCGCGTTGCATGGTGATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCAct > 1:377044/1‑136 (MQ=255) tGCATGGTTATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGccac < 2:421052/136‑1 (MQ=255) tGCATGGTGATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGccac < 2:377044/136‑1 (MQ=255) tCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTg < 1:159208/136‑1 (MQ=255) gCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGgc > 1:271473/1‑136 (MQ=255) tGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCt > 1:266466/1‑136 (MQ=255) gTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTcc < 2:266466/136‑1 (MQ=255) gTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTcc < 2:438885/136‑1 (MQ=255) gTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGGCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTcc < 2:546772/136‑1 (MQ=255) tGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTTCCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGGATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGa < 2:511183/136‑1 (MQ=255) cATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGAtc < 2:482704/136‑1 (MQ=255) aTGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGAtct < 1:57179/136‑1 (MQ=255) aTGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGAtct < 2:271473/136‑1 (MQ=255) aTTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCGGGCCTCGGcc > 2:542641/1‑136 (MQ=255) cGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACTAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCGGGCCTCGGCCAGCAGCAGGTGCt < 1:114492/136‑1 (MQ=255) cGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACTAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCGGGCCTCGGCCAGCAGCAGGTGCt < 1:56877/136‑1 (MQ=255) cGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCGGGCCTCGGCCAGCAGCAGGTGCTGGATGTGCCCGGCctgctg > 1:229498/1‑136 (MQ=255) ggCATGGGCCAGCCTCCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGACCGAGCTGATCTCGCGTGTGAATCCGGGCCTCGGCCAGCAGCTGGTGCTGGATGTGCCCGGCCTGCTga > 1:546406/1‑136 (MQ=255) gCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCTGGCCTCGGCCAGCAGCAGGTGCTGGATGTGCCCGGCCTGCTGACCGACCTGCCAaccaccta > 1:353469/1‑134 (MQ=255) gCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCGGGCCTCGGCCAGCAGCAGGTGCTGGATGTGCCCGGCCTGCTGACCGACCTGCCAACCACCGa > 2:531710/1‑136 (MQ=255) gCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCGGGCCTCGGCCAGCAGCAGGTGCTGGATGTGCCCGGCCTGCTGACCGACCTGCCAACCACCGa > 1:366020/1‑136 (MQ=255) aaCGAGCCACTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCGGGCCTCGGCCAGCAGCAGGTGCTGGATGTGCCCGGCCTGCTGACCGACCTGCCAACCACCGAGc < 1:91822/136‑1 (MQ=255) | ATTGTCCCTGAGCATGGGGCCGCGTTGCATGGTGATCGCATGCAGTTGTCGGGCATGCGCGAAATTCCCACGCCGTCGATTACCCATGTGCCGGTCGGCCTGAAGTTCATCGGCATGGGCCAGCCTGCCCGCAACGAGCCGCTGCGGGTCACTGCTGCCACCAGCTACCTGGCGCTGTCCGAGCTGATCTCGCGTGTGTATGCGGGCCTCGGCCAGCAGCAGGTGCTGGATGTGCCCGGCCTGCTGACCGACCTGCCAACCACCGAGC > NC_002947/3017171‑3017438 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |