Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,238,677 | C→A | 25.0% | L291L (CTC→CTA) | GbpR → | galactose‑binding protein regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,238,677 | 0 | C | A | 25.0% | 32.9 / 2.9 | 16 | L291L (CTC→CTA) | GbpR | galactose‑binding protein regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/4); new base A (2/2); total (10/6) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
AAATGATTGCGGTGGTGCCCAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGATACCTTGCTGCGTTACCTGCGGGCACAATAACTTTCACCTGCATGAGGCCCTGCGTCTATGCCGCCGGACATGACCCATTCCAGCTTTTG > NC_002947/3238577‑3238811 | aaaTGATTGCGGTGGTGCCCAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGt > 1:51112/1‑136 (MQ=255) ttGCGGTGGTGCCCAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCt < 2:484265/136‑1 (MQ=255) gccgtggtgCACAAAGACCAGGCCCACCATTAAGCCCGCTATGGCATGGTCGACGTCCTCCCGGTGCAGATCCAACTGCCGAAGGCCAACCTACGCGTCCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTCCCCATg > 2:30244/4‑136 (MQ=255) gCGGTGGTGCCCAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTg > 1:286572/1‑136 (MQ=255) gCGGTGGTGCCCAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTg > 2:20543/1‑136 (MQ=255) gCGGTGGTGCCCAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTg > 2:254653/1‑136 (MQ=255) gCGGTGGTGCCCAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTAGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTg > 2:540614/1‑136 (MQ=255) ggtggtGCCCAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGAt > 2:512791/1‑136 (MQ=255) cccAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGATACCTtgc > 2:275245/1‑136 (MQ=255) cGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGATACCTTGCTGCGTTACCTGCGGGCACAATAACttt < 1:15876/136‑1 (MQ=255) cGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGATACCTTGCTGCGTTACCTGCGGGCACAATAACttt < 1:254653/136‑1 (MQ=255) aTGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGATACCTTGCTGCGTTACCTGCGGGCACAATAACTTTCAcc > 1:229667/1‑136 (MQ=255) tCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGATACCTTGCTGCGTTACCTGCGGGCACAATAACTTTCACCTGCATGAgg < 1:20543/136‑1 (MQ=255) tCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTAGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGATACCTTGCTGCGTTACCTGCGGGCACAATAACTTTCACCTGCATGAgg < 1:540614/136‑1 (MQ=255) gcggcGTCCTGGCGGTGGTGTTGGCACTGGCGATGGCCAACCTAGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCGCTACTCGGTTGCCCTTGATACCTTGGAGCGTTACGTGCGGGCACAATAACTTTCACCTGCATGAgg < 1:30244/132‑1 (MQ=255) tCGGCGTGCTGACCCTGCGCTAGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGATACCTTGCTGCGTTACCTGCGGGCACAAGAACTTTCACCTGCATGAGGCCCTGCGTCTATGCCGCCGGACAAGCCCCATACCAGcgattg > 2:441454/1‑131 (MQ=255) | AAATGATTGCGGTGGTGCCCAATGACGTGGCCCAGCATTATGCCCGCTATGGCATGGTCGCCGTCCTGCCGGTGGAGTTGCCACTGGCGATGGCCAACCTCGGCGTGCTGACCCTGCGCTCGCGGCCCAACTCGGTTGCCCTTGATACCTTGCTGCGTTACCTGCGGGCACAATAACTTTCACCTGCATGAGGCCCTGCGTCTATGCCGCCGGACATGACCCATTCCAGCTTTTG > NC_002947/3238577‑3238811 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |