| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,282,974 | C→T | 17.3% | G47S (GGC→AGC) | ampC ← | beta‑lactamase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,282,974 | 0 | C | T | 17.3% | 52.6 / 3.6 | 23 | G47S (GGC→AGC) | ampC | beta‑lactamase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/8); new base T (2/2); total (13/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
CCGTGTAGGTCTTGCTCAGCGAACCGATCTCGAACAGCGTATCGCGGCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAATGGCGGCTGCAAGTGCAGCCAGACGTGGGCG > NC_002947/3282842‑3283106 | ccGTGTAGGTCTTGCTCAGCTAACCGATCTCGAACAGCGTATCGCGGCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTTGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGt > 2:409676/1‑136 (MQ=255) cAGCGAACCGATCTCGAACAGCGTATCGCGGCTGACCGGTACGTTGTCTGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGc > 1:177497/1‑136 (MQ=255) cAGCGAACCGATCTCGAACAGCGTATCGCGGCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGc > 1:237988/1‑136 (MQ=255) aCCGATCTCGAACAGCGTATCGCGGCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAgc > 1:93462/1‑136 (MQ=255) aCCGATCTCGAACAGCGTATCGCGGCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAgc > 1:31481/1‑136 (MQ=255) tCGCGGCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGa < 1:223166/136‑1 (MQ=255) cgcgGCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGAc > 2:193238/1‑136 (MQ=255) gcgGCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGAcc < 2:489002/136‑1 (MQ=255) ggCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTTGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCtt < 1:409676/136‑1 (MQ=255) cacaCCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTg < 2:279638/136‑1 (MQ=255) gTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCTGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAggg > 2:190006/1‑136 (MQ=255) gTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCTGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAggg > 2:190009/1‑136 (MQ=255) tGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGTCCTaa < 2:31481/136‑1 (MQ=255) tGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTaa < 2:93462/136‑1 (MQ=255) aTGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAgg > 2:477265/1‑136 (MQ=255) cgTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAAt < 1:16689/136‑1 (MQ=255) gCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAATGGCGGCTGCAAGTGCAGCCa < 1:427046/136‑1 (MQ=255) cacaGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAATGGCGGCTGCAAGTGCAGCCAGa > 2:8872/1‑136 (MQ=255) cacaGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAATGGAGGCTGCAAGTGCAGCAAGa > 2:526454/1‑136 (MQ=255) acaGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAATGGCGGCTGCAAGTGCAGCCAGAc > 1:481609/1‑136 (MQ=255) caGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGACTGTAACTGCTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAATGGCGGCTGCAAGTGCAGCCAGACg > 1:449827/1‑136 (MQ=255) tGCTGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAATGGCGGCTGCAAGTGCAGCCAGACGTGGGCg < 1:190006/136‑1 (MQ=255) tGCTGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAATGGCGGCTGCAAGTGCAGCCAGACGTGGGCg < 1:190009/136‑1 (MQ=255) | CCGTGTAGGTCTTGCTCAGCGAACCGATCTCGAACAGCGTATCGCGGCTGACCGGTACGTTGTCGGCCTTGCTGGCCACACCGTAGCTGAAGTAATGCGCGTGGTCGCGTGCATAGATGGCCACAGCCATGCCGGTGATGCCTTGTTCCTGCATGAGCGGGCGGATGATCTGGTCGACCTTGGCCTGTAACTGGTCGTCGGCCTGGGCGCTGGCAGGGCCTAAGGCAAGGGTAATGGCGGCTGCAAGTGCAGCCAGACGTGGGCG > NC_002947/3282842‑3283106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |