| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,392,859 | C→A | 19.0% | V216V (GTC→GTA) | PP_2989 → | short‑chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,392,859 | 0 | C | A | 19.0% | 46.2 / 2.6 | 21 | V216V (GTC→GTA) | PP_2989 | short‑chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/8); new base A (2/2); total (10/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
AGGGCGTGTACGTGCAAGCGGTGCTGCCGGCAGCGACCCGCACCGAGATCTGGGCGCGTGCCGGCATTGACGTCAACACACTCCCGGAGGTGATGGAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGACAAACCCACGCGGCTGAACGATATCAGCG > NC_002947/3392732‑3392990 | aGGGCGTGTACGTGCAAGCGGTGCTGCCGGCAGCGACCCGCACCGAGATCTGGGCGCGTGCCGGCATTGACGTCAACACACTCCCGGAGGTGATGGAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGa > 1:387009/1‑136 (MQ=255) gggCGTGTACGTGCAAGCGGTGCTGCCGGCAGCGACCCGCACCGAGATCTGGGCGCGTGCCGGCATTGACGTCAACACACTCCCGGAGGTGATGGAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGAc < 1:507235/136‑1 (MQ=255) aCGTGCAAGCGGTGCTGCCGGCAGCGACCCGCACCGAGATCTGGGCGCGTGCCGGCATTGACGTCAACACACTCCCGGAGGTGATGGAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGa > 2:4549/1‑136 (MQ=255) ttCTGGGCGCGTGCCGGCATTGACGTCTACACACTCCCGGAGGTGATGGATGTCGGTTAGCTGGTCGATGCTTCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCt < 1:453474/135‑1 (MQ=255) aTCTGGGCGCGTGGCGGCATTGACGTCAACTCACTCCCGGAGGTGATGGAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCTCTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCTCTTCATGTTGCCGAGCGCt < 1:88321/136‑1 (MQ=255) aTTGACGTCAACACACTCCCGGAGGTGATGGAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTAGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACAGGAACGTg > 1:301154/1‑136 (MQ=255) aCGTCAACACACTCCCGGAGGTGATGGAGGGCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACg < 2:519789/136‑1 (MQ=255) cGGAGGTGATGGAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTc > 2:422800/1‑136 (MQ=255) gATGGAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACAtt < 2:392088/136‑1 (MQ=255) ggAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGa > 2:323750/1‑136 (MQ=255) aGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGACa > 2:30702/1‑136 (MQ=255) aGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTAGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACt < 1:43492/97‑1 (MQ=255) aGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTAGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACt < 1:40865/97‑1 (MQ=255) aGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTAGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACt > 2:40865/1‑97 (MQ=255) aGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTAGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACt > 2:43492/1‑97 (MQ=255) taGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGACAAACCCAcg < 1:422800/135‑1 (MQ=255) gctgcAGTTGTGGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGACAAACCCACGCGGCTGAACGat < 2:65013/136‑1 (MQ=255) tgcACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGACAAACCCACGCGGCTGAACGatat > 1:157505/1‑136 (MQ=255) cACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGACAAACCCACGCGGCTGAACGATATCa < 1:408428/136‑1 (MQ=255) cACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGACAAACCCACGCGGCTGAACGATATCa < 2:343204/136‑1 (MQ=255) ttGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGACAAACCCACGCGGCTGAACGATATCAgcg > 1:459865/1‑136 (MQ=255) | AGGGCGTGTACGTGCAAGCGGTGCTGCCGGCAGCGACCCGCACCGAGATCTGGGCGCGTGCCGGCATTGACGTCAACACACTCCCGGAGGTGATGGAGGTCGGTGAGCTGGTCGATGCTGCACTTGTCGGTTTCGACCGTCGCGAGTTGGTAACCATCCCGCCACTTCATGTTGCCGAGCGCTGGGATGCACTGGAAGGTGCACGTCAAGGGCTGATGTCTGACATTCGACAAACCCACGCGGCTGAACGATATCAGCG > NC_002947/3392732‑3392990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |