| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,644,417 | G→T | 18.1% | A146A (GCG→GCT) | PP_3206 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,644,417 | 0 | G | T | 18.1% | 62.7 / 2.4 | 22 | A146A (GCG→GCT) | PP_3206 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/10); new base T (2/2); total (10/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-01 | |||||||||||
TGCTCGACCAACTGCGTAATCCCCTCTGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGC > NC_002947/3644287‑3644552 | tgctCGACCAACTGCGTAATCCCCTCTGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGca < 1:269336/136‑1 (MQ=255)tgctCGACCAACTGCGTAATCCCCTCTGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGca < 1:416883/136‑1 (MQ=255) tCGACCAACTGCGTAATCCCCTCTGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACaa < 2:192164/136‑1 (MQ=255) tCGACCAACTGCGTAATCCCCTCTGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACaa < 2:117479/136‑1 (MQ=255) gACCAACTGCGTAATCCCCTCTGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGcaca < 2:528834/133‑1 (MQ=255) gACCAACTGCGTAATCCCCTCTGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGcaca > 1:528834/1‑133 (MQ=255) tctGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGtt < 1:215421/136‑1 (MQ=255) tctGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGtt < 1:213283/136‑1 (MQ=255) gTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCa > 1:368901/1‑136 (MQ=255) ggTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCtt > 2:7050/1‑136 (MQ=255) gCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGcc < 2:139880/136‑1 (MQ=255) cgGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCTGCGCACAAACGCATGGTGGATATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCcg > 2:248160/1‑136 (MQ=255) cgGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCTGCGCACAAACGCATGGTGGATATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCcg > 2:246005/1‑136 (MQ=255) cgGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCcg > 1:285952/1‑136 (MQ=255) gcAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCTGCGCACAAACGCATGGTGGATATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGttt < 1:248160/136‑1 (MQ=255) gcAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCTGCGCACAAACGCATGGTGGATATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGttt < 1:246005/136‑1 (MQ=255) gTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGccc > 1:511377/1‑136 (MQ=255) gTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGACAGCGTCGACGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAATCGCATGCTGGAGATCGCGTAGCAGCATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGcgc > 1:388935/1‑134 (MQ=255) tGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCgg > 1:546277/1‑136 (MQ=255) aCGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCg < 1:232490/136‑1 (MQ=255) aCGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCg < 1:329/136‑1 (MQ=255) agcGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAAt > 1:462370/1‑136 (MQ=255) ggcgCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGc > 2:320921/1‑136 (MQ=255) ggcgCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGc < 1:320921/136‑1 (MQ=255) ggcgCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCATGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGc < 1:286024/136‑1 (MQ=255) | TGCTCGACCAACTGCGTAATCCCCTCTGTCCACCGGTGCTGGTGTACGCCAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGC > NC_002947/3644287‑3644552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |