| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,540,730 | C→A | 20.0% | intergenic (+264/‑551) | PP_4022 → / → PP_4024 | hypothetical protein/transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,540,730 | 0 | C | A | 20.0% | 52.1 / 2.6 | 20 | intergenic (+264/‑551) | PP_4022/PP_4024 | hypothetical protein/transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/5); new base A (2/2); total (13/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
CCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCCGGCGCAGTGGCGCCCGGCATTGTTCGCCACCCTGACCGGGGCGTCGCTCGGCGCCGTCATCGC > NC_002947/4540598‑4540864 | ccTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACcaac < 1:284545/136‑1 (MQ=255)ccTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACcaac < 1:36120/136‑1 (MQ=255)ccTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACcaac < 1:360489/136‑1 (MQ=255) aCCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTAACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAg > 2:46044/1‑135 (MQ=255) aCCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTAACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAg < 1:46044/135‑1 (MQ=255) cctcctCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACAAACAAGCTc > 1:133594/1‑136 (MQ=255) cctcctCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACAAACAAGCTc > 1:132449/1‑136 (MQ=255) aTCCTGGCTCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACCCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTGCCCACACCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCTCCGCACCTGGAACTCGGCACCCACAAGCTCAGTTACa > 2:507556/1‑136 (MQ=255) aTCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTccc > 2:265554/1‑135 (MQ=255) aTCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCa < 2:283366/136‑1 (MQ=255) gcTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTtcggc < 1:315086/136‑1 (MQ=255) cTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCAAGCCGCCGCACCAGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGttt > 1:311022/1‑136 (MQ=255) aTCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACctact < 2:374461/136‑1 (MQ=255) gACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACa > 1:92297/1‑136 (MQ=255) gACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACATACTACa > 2:288104/1‑136 (MQ=255) ccGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCCCCTACTACAAACGCAAACt > 2:473397/1‑136 (MQ=255) ccGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACAAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACt < 2:132449/136‑1 (MQ=255) ccGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACAAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACt < 2:133594/136‑1 (MQ=255) ggCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCCGGCGCAGTGGCGCCCGGCa > 2:192575/1‑136 (MQ=255) cGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCCGGCGCAGTGGCGCCCGGCATTGTTCGCCACCCTg > 1:373056/1‑136 (MQ=255) gcACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCCGGCGCAGTGGCGCCCGGCATTGTTCGCCACCCTGACCGGGGccagg < 1:169455/136‑5 (MQ=255) aCTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCCGGCGCAGTGGCGCCCGGCATTGTTCGCCACCCTGACCGGGGCGTCGCTCGGCGcc > 2:484891/1‑136 (MQ=255) aCCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCCGGCGCAGTGGCGCCCGGCATTGTTCGCCACCCTGACCGGGGCGTCGCTCGGCGCCGTCATCg > 1:14271/1‑136 (MQ=255) ccAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCCGGCGCAGTGGCGCCCGGCATTGTTCGCCACCCTGACCGGGGCGTCGCTCGGCGCCGTCATCGc > 2:373020/1‑136 (MQ=255) | CCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCCGGCGCAGTGGCGCCCGGCATTGTTCGCCACCCTGACCGGGGCGTCGCTCGGCGCCGTCATCGC > NC_002947/4540598‑4540864 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |