| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,727,836 | G→T | 23.5% | T241T (ACC→ACA) | htpG ← | chaperone protein HtpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,727,836 | 0 | G | T | 23.5% | 43.0 / 3.0 | 17 | T241T (ACC→ACA) | htpG | chaperone protein HtpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/6); new base T (2/2); total (9/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACAGCAGCGAGTTGTATTCGAGCTTGCCTTCGACCTTGTTGTGGCTCCAGGCCAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCTTCACCTTCGGTGGCGGCCTGCTCTTTCGGCAGTTGAATCGGCAGGGCGATGTGGTCGGAGTATTTCTTGACCACGTTG > NC_002947/4727705‑4727968 | tACAGCAGCGAGTTGTATTCGAGCTTGCCTTCGACCTTGTTGTGGCTCCAGGCCAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTcc < 2:432191/136‑1 (MQ=255) gcagcGAGTTGTATTCGAGCTTGCCTTCGACCTTGTTGTGGCTCCAGGCCAGCTGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCcacat > 1:100875/1‑135 (MQ=255) gcagcGAGTTGTATTCGAGCTTGCCTTCGACCTTGTTGTGGCTCCAGGCCAGCTGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCcacat > 1:392937/1‑135 (MQ=255) agcGAGTTGTATTCGAGCTTGCCTTCGACCTTGTTGTGGCTCCAGGCCAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCATGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAggg < 2:116449/136‑1 (MQ=255) tGTATTCGAGCTTGCCTTCGACCTTGTTGTGGCTCCAGGCCAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGgc > 1:364799/1‑136 (MQ=255) tgtgGCTCCAGGCCAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGTGTCCACATGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTcggc > 1:430843/1‑136 (MQ=255) tgtgGCTCCAGGCCAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGTGTCCACATGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTcggc > 1:448557/1‑136 (MQ=255) gtgGCTCCAGGCCAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGGACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTcggcc < 1:272780/136‑1 (MQ=255) cTCCAGGCCAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGgct > 2:431990/1‑136 (MQ=255) ccAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCTTc > 2:127874/1‑136 (MQ=255) gTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCTTCACCTTCg > 2:444861/1‑136 (MQ=255) ttCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCTTCACCTTCGGTg < 1:431990/136‑1 (MQ=255) cTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGTGTCCACATGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCTTCACCTTCGGTGGCGGCCTGCTCTTTCGGCAGt < 2:430843/136‑1 (MQ=255) cTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGTGTCCACATGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCATCACCTTCGGTGGCGGCCTGCTCTTTCGGCAGt < 2:448557/136‑1 (MQ=255) gTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCTTCACCTTCGGTGGCGGCCTGCTCTTTCGGCAGTTGAATCGGCAGGGCg < 2:333131/136‑1 (MQ=255) gTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCTTCACCTTCGGTGGCGGCCTGCTCTTTCGGCAGTTGAATCGGCAGGGCGATGTGGTCg > 2:373265/1‑136 (MQ=255) aCGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCTTCACCTTCGGTGGCGGCCTGCTCTTTCGGCAGTTGAATCGGCAGGGCGATGTGGTCGGAGTATTTCTTGACCACGTTg < 1:373265/136‑1 (MQ=255) | TACAGCAGCGAGTTGTATTCGAGCTTGCCTTCGACCTTGTTGTGGCTCCAGGCCAGCGGGTTTTCGAAGTCATGGCCGATGTGCTTGTAGAACTCCTGGTACTCCTCGTCCTTCACTTCGGTGCGCGAACGGGTCCACAGGGCGCTGGCGCGGTTGACGGTTTCCCACTCTTCGGCCGGCTGCTCTTCACCTTCGGTGGCGGCCTGCTCTTTCGGCAGTTGAATCGGCAGGGCGATGTGGTCGGAGTATTTCTTGACCACGTTG > NC_002947/4727705‑4727968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |