| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,868,382 | C→A | 19.9% | E829* (GAA→TAA) | smc ← | chromosome partition protein Smc |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,868,382 | 0 | C | A | 19.9% | 54.3 / 2.7 | 20 | E829* (GAA→TAA) | smc | chromosome partition protein Smc |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/11); new base A (2/2); total (7/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGGCGAGCCAGGCGCATTTCCTCGTCGACGCTCATGCGCCGCTCCAGCAGCTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACGCAGCGACCCCAGACGCACCGCCAGCTGGTGAGCGTGGTCCTTGTGCTGGCGGGCTTCCTGACGCAC > NC_002947/4868254‑4868514 | cAGGCGAGCCAGGCGCATTTCCTCGTCGACGCTCATGCGCCGCTCCAGCAGCTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAgg > 2:180703/1‑136 (MQ=255) gAGCCAGGCGCATTTCCTCGTCGACGCTCATGCGCCGCTCCAGCAGCTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTACTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTAGGTCAGgcgcgc > 1:22986/1‑136 (MQ=255) gAGCCAGGCGCATTTCCTCGTCGACGCTCATGCGCCGCTCCAGCAGCTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTACTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTAGGTCAGgcgcgc > 1:343059/1‑136 (MQ=255) aTGCGCCGCTCCAGCAGCTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCt < 2:203605/136‑1 (MQ=255) cTCCAGCAGCTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTa < 2:125531/136‑1 (MQ=255) cagcTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTACTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTAGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTACAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCg < 2:343059/136‑1 (MQ=255) cagcTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTACTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTAGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTACAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCg < 2:22986/136‑1 (MQ=255) agcTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGt < 1:67665/136‑1 (MQ=255) gCTTCAGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACg < 1:180703/136‑1 (MQ=255) cTTCAGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACGc < 2:375983/136‑1 (MQ=255) aGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAg > 2:523133/1‑101 (MQ=255) aGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAg < 1:523133/101‑1 (MQ=255) gCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACGCCGCGAccc > 2:11624/1‑136 (MQ=255) ttcCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACGCAGCGACCCCAGACGc < 2:348357/136‑1 (MQ=255) gCGGGGCTGCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACGCAGCGACCCCAGACGCACCGc < 2:332932/136‑1 (MQ=255) ctccAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACGCAGCGACCCCAGACGCACCGCCAGCTGGTGAGCGTgg < 1:123998/136‑1 (MQ=255) tccAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCCCGCAGCGCCCCCACACGCCCCCCCCCCTGGTGAGCGTGGt > 1:430256/1‑136 (MQ=255) ggCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACGCAGCGACCCCAGACGCACCGCCAGCTGGTGAGCGTGGTCCTTGTGCTGGCGGGCTTCCTGACg < 1:124909/136‑1 (MQ=255) ggCGTGCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTCGAGTCGTGCTGGGCACGCAGCGACCCCAGACGCACCGCCAGCTGGTGAGCGTGGTCCTTGTGCTGGCGGGCTTCCTGACg < 2:354995/136‑1 (MQ=255) gTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACCCCCCGCCCCCAGACGCACCGCCCGCTGGGGAGCGTGGTCCTTGTGCTGGCGGGCGTCCTGACGCAc > 2:430910/1‑136 (MQ=255) | CAGGCGAGCCAGGCGCATTTCCTCGTCGACGCTCATGCGCCGCTCCAGCAGCTCCTCCAGCTTCAGACGCAGTTCTTCCTGCGGGGCTTCACCCTCCTCCAGGTTCAGGCTCAGTTGTTCCTGGCGTTCGGTCAGGCGCGCAGCTTGCTGCTCCAGACGCTCCAGCGCCTGGCGGGTAGAGTCGTGCTGGGCACGCAGCGACCCCAGACGCACCGCCAGCTGGTGAGCGTGGTCCTTGTGCTGGCGGGCTTCCTGACGCAC > NC_002947/4868254‑4868514 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |