| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,747,621 | G→T | 21.0% | T184T (ACC→ACA) | fbp ← | class 1 fructose‑1,6‑bisphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,747,621 | 0 | G | T | 21.0% | 42.4 / 2.8 | 19 | T184T (ACC→ACA) | fbp | class 1 fructose‑1,6‑bisphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/8); new base T (2/2); total (9/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
CGGGGCTTCCCAGTGACGCTGGTTGGACATGTTGATGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTGCTCGGTACCTGGCTGCAGGAACGCTTCTTCGTTGAGGCTTTCGTTCTGGCTCAG > NC_002947/5747510‑5747755 | cGGGGCTTCCCAGTGACGCTGGTTGGACATGTTGATGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCGGTACGCGGATGTTCTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGccc > 2:421213/1‑136 (MQ=255) gggCTTCCCAGTGACGCTGGTTGGACATGTTGATGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAg < 2:409929/136‑1 (MQ=255) cTTCCCAGTGACGCTGGTTGGACATGTTGATGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAgggg > 1:365608/1‑135 (MQ=255) tGGACATGTTGATGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTg > 2:312941/1‑136 (MQ=255) ggACATGTTGATGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCTGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGTGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGc > 2:353128/1‑136 (MQ=255) ggACATGTTGATGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCTGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGTGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGc > 2:219498/1‑136 (MQ=255) ggACATGTTGATGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCGGTACGCGGATGTTCTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGc < 1:421213/136‑1 (MQ=255) aTGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGa > 1:188195/1‑136 (MQ=255) aTGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGa > 1:508269/1‑136 (MQ=255) tcCGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCt < 1:312941/136‑1 (MQ=255) tcCGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCt < 2:395233/136‑1 (MQ=255) ccGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTg > 2:143832/1‑136 (MQ=255) cctcgtaTGGTTTCCGGGGTCCTCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCCGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTGCTCgg < 2:365608/130‑1 (MQ=255) aCGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTGCTCgg < 1:241928/136‑1 (MQ=255) cGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTGCTCGGTACCTGGCTGCAGGAACGCttcttc < 2:246958/136‑1 (MQ=255) cGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTGCTCGGTACCTGGCTGCAGGAACGCttcttc > 2:489949/1‑136 (MQ=255) gctctgTTCGCGATCGTGGGTGAAGGGCTTGTCGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCATCCTGCTCGGTACCTGGCTGCAGGAACGCTTCTTCGTTGAgg < 1:319605/131‑1 (MQ=255) gCCCAGTTCGCGATCCAGTGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTGCTCGGTACCTGGCTGCAGGAACGCTTCTTCGTTGAgg < 1:353128/136‑1 (MQ=255) gCCCAGTTCGCGATCCAGTGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTGCTCGGTACCTGGCTGCAGGAACGCTTCTTCGTTGAgg < 1:219498/136‑1 (MQ=255) gggTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTGCTCGGTACCTGGCTGCAGGAACGCTTCTTCGTTGAGGCTTTCGTTCTGGCTCAg < 1:143832/136‑1 (MQ=255) | CGGGGCTTCCCAGTGACGCTGGTTGGACATGTTGATGGCGAACTCGGCGGTGGTCTCCGGTACGCGGATGTTTTCGTGGGTCAGCACGAAGCTGCCCAGTTCGCGATCCAGGGTGAAGCCCTTGACGCCGTTGCCCAGGGTCAGGATCAGCATGGTCTGCGGGCCGTAGATGGCATAACCGGCAGCAACCTGCTCGGTACCTGGCTGCAGGAACGCTTCTTCGTTGAGGCTTTCGTTCTGGCTCAG > NC_002947/5747510‑5747755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |