| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 218,280 | G→T | 21.0% | W7929L (TGG→TTG) | PP_0168 → | putative surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 218,280 | 0 | G | T | 21.0% | 45.8 / 2.8 | 19 | W7929L (TGG→TTG) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/9); new base T (2/2); total (8/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
TCACCGCTGGCACCGGTTCGAAAACGTCGGGCCTGATCTACCTGGAAGCCGGCAAGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTCCGGTCCAGGCAGCTATGACCTG > NC_002947/218148‑218386 | tCACCGCTGGCACCGGTTCGAAAACGTCGGGCCTGATCTACCTGGAAGCCGGCAAGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTgggg < 2:198605/136‑1 (MQ=255) aCCGGTTCGAAAACGTCGGGCCTGATCTACCTGGAAGCCGGCAATGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTTGGGAGCCGGTGGCg > 1:285623/1‑136 (MQ=255) aCCGGTTCGAAAACGTCGGGCCTGATCTACCTGGAAGCCGGCAATGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCATGGGAGCCGGTGGcc > 1:200374/1‑135 (MQ=255) aCCGGTTCGAAAACGTCGGGCCTGATCTACCTGGAAGCCGGCAAGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCg > 1:435922/1‑136 (MQ=255) tCGAAAACGTCGGGCCTGATCTACCTGGAAGCCGGCAAGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGgtgt > 1:624/1‑136 (MQ=255) gAAAACGTCGGGCCTGATCTACCTGGAAGCCGGCAAGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCg < 1:144327/136‑1 (MQ=255) gTCGGGCCTGATCTACCTGGAAGCCGGCAAGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTAcc < 1:7751/136‑1 (MQ=255) aaGCCGGCAAGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCgg < 2:135265/136‑1 (MQ=255) aaGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTAcc > 1:458814/1‑136 (MQ=255) aaGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTAcc > 1:410970/1‑136 (MQ=255) ggTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCg < 2:624/136‑1 (MQ=255) cgacAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTTGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTcc < 2:200374/136‑1 (MQ=255) cgacAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTTGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTcc < 2:285623/136‑1 (MQ=255) cgacAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTAGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTcc < 2:435922/136‑1 (MQ=255) gacAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTcc > 1:544326/1‑135 (MQ=255) gacAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTcc < 2:544326/135‑1 (MQ=255) gCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCAGCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTCCGGTcc < 1:370789/136‑1 (MQ=255) gCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTCCGGTcc < 1:382495/136‑1 (MQ=255) cATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTCCGGTCCAGGCAGCTATGAc < 2:287165/136‑1 (MQ=255) cGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTCCGGTCCAGGCAGCTATGACCTg > 2:490707/1‑136 (MQ=255) | TCACCGCTGGCACCGGTTCGAAAACGTCGGGCCTGATCTACCTGGAAGCCGGCAAGGTCTATACCTTCAGTGGTTTGGCCGACGACAGCTTCGTGGTCACCATCGGTGGCAAGACTGTAGTCACGGCCACCTGGGGAGCCGGTGGCGGGGTGTCGGGTACCTTTACCCCAAATACCAGCGGCTACTACCCGATCGAGGTCTACCATGCCAACCAGTCCGGTCCAGGCAGCTATGACCTG > NC_002947/218148‑218386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |