| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 64,436 | G→T | 25.0% | R94S (CGC→AGC) | PP_0055 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 64,436 | 0 | G | T | 25.0% | 31.8 / 3.0 | 16 | R94S (CGC→AGC) | PP_0055 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/6); new base T (2/2); total (8/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
TTGAGGATGCTGACGAAGCGCGGCACCGCTACCAATTCCACCTCCAGGCCGGGGTAGCGCTCGAACAACGCGTTCATGCGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAGGGCTTGACCCGAGGGGGTCAGCTCGTACC > NC_002947/64312‑64552 | ttGAGGATGCTGACGAAGCGCGGCACCGCTACCAATTCCACCTCCAGGCCGGGGTAGCGCTCGAACAACGCGTTCATGCGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCa > 2:373365/1‑136 (MQ=255) cGCTACCTATTCCACCTCCAGGCCGGGGTAGCGCTCGAACAACGCGTTCATGCGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTtcc < 2:105844/136‑1 (MQ=255) cGCTACCAATTCCACCTCCAGGCCGGGGTAGCGCTCGAACAACGCGTTCATGCGTTGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTtcc < 2:384236/136‑1 (MQ=255) tAGCGCTCGAACAACGCGTTCATGCGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCa > 2:99195/1‑136 (MQ=255) aGCGCTCGAACAACGCGTTCATGCGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCAt < 1:373365/136‑1 (MQ=255) tCGAACAACGCGTTCATGCGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCtt < 1:194906/136‑1 (MQ=255) cgTTCATGCGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCtt < 2:508122/136‑1 (MQ=255) gTTCATGCGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTg > 2:47495/1‑136 (MQ=255) cGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAggg < 2:121375/136‑1 (MQ=255) gaagaaCATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTTGGTGATTTCCTCCTGTGCAAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAGGGCTTGAccc > 2:194558/1‑136 (MQ=255) gccgatgccTTCGGTTACCCCCAGGCTAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAGGGCTTGACCCGAGGGGGTCAGc < 1:524068/136‑1 (MQ=255) gccgatgccTTCGGTTACCCCCAGGCTAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAGGGCTTGACCCGAGGGGGTCAGc < 1:526509/136‑1 (MQ=255) gccgatgccTTCGGTTACCCCCAGGCTAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAGGGCTTGACCCGAGGGGGTCAGc > 2:524068/1‑136 (MQ=255) gccgatgccTTCGGTTACCCCCAGGCTAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAGGGCTTGACCCGAGGGGGTCAGc > 2:526509/1‑136 (MQ=255) ccTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAGTGCTTGACCCGAGGGGGTCAGCTCGTAcc > 1:158713/1‑136 (MQ=255) ccTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAGGGCTTGACCCGAGGGGGTCAGCTCGTAcc > 1:500426/1‑136 (MQ=255) | TTGAGGATGCTGACGAAGCGCGGCACCGCTACCAATTCCACCTCCAGGCCGGGGTAGCGCTCGAACAACGCGTTCATGCGTGGGGTGAAGAACATGATGCCGATGCCTTCGGTTACCCCCAGGCGAATCTTGCCCAGCGGGGTGATGGCCTGGGTGATTTCCTCCTGTGCCAGCAGGGCGACGTTCTCCATGGCTTCGGCATGCTTGAGCAGGGCTTGACCCGAGGGGGTCAGCTCGTACC > NC_002947/64312‑64552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |