Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 459,510 | C→A | 26.6% | Q116H (CAG→CAT) | pqqB ← | coenzyme PQQ synthesis protein B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 459,510 | 0 | C | A | 26.6% | 30.1 / 3.2 | 15 | Q116H (CAG→CAT) | pqqB | coenzyme PQQ synthesis protein B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/7); new base A (2/2); total (6/9) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
CAGGGGGAAGGGAGTGAACTTGAGGTTGGGGCAGGCGTCGATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCC > NC_002947/459375‑459637 | cAGGGGGAAGGGAGTGAACTTGAGGTTGGGGCAGGCGTCGATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTcc < 2:362532/136‑1 (MQ=255) aaGGGAGTGAACTTGAGGTTGGGGCAGGCGTCGATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGa < 1:125932/136‑1 (MQ=255) gAACTTGAGGTTGGGGCAGGCGTCGATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTcc < 1:135545/136‑1 (MQ=255) cTTGAGGTTGGGGCAGGCGTCGATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTg > 1:52511/1‑136 (MQ=255) gTCGATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCATGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCggg > 1:310447/1‑136 (MQ=255) gTCGATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCATGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCggg > 1:99439/1‑136 (MQ=255) cGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTTGTCGATCTGGCTGTc < 1:350210/136‑1 (MQ=255) gCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACg > 2:44218/1‑136 (MQ=255) gAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATg > 1:426979/1‑136 (MQ=255) ggAAACCGGTGGTCAGGTCATGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTc < 2:310447/136‑1 (MQ=255) ggAAACCGGTGGTCAGGTCATGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTc < 2:99439/136‑1 (MQ=255) ggAAACCGGGGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTc < 1:527961/136‑1 (MQ=255) gtCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGccc < 2:101564/136‑1 (MQ=255) gtCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGccc < 2:429616/136‑1 (MQ=255) gtCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGccc < 2:431868/136‑1 (MQ=255) gtCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGAAGGCGATGATACCGGTGTCGCGCAgctgtc > 1:222291/1‑131 (MQ=255) | CAGGGGGAAGGGAGTGAACTTGAGGTTGGGGCAGGCGTCGATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCC > NC_002947/459375‑459637 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |