| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 83,215 | G→T | 15.9% | intergenic (‑87/‑46) | qor‑I ← / → hemF | quinone oxidoreductase/coproporphyrinogen‑III oxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 83,215 | 0 | G | T | 15.9% | 68.0 / 2.2 | 25 | intergenic (‑87/‑46) | qor‑I/hemF | quinone oxidoreductase/coproporphyrinogen‑III oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/14); new base T (2/2); total (9/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
GGCCGCCATGCTGGCTGAACTGGATACGCTTGGCCATCTCGCACTCCTGTAGTCGGGATCGGGAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGCTCGACCTGCAAGACCGCATCTGCTCTGCCCTCGAAACAGA > NC_002947/83092‑83337 | ggCCGCCATGCTGGCTGAACTTGATACGCTTGGCCATCTCGCACTCCTGTAGTCGGGATCGGGAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTTGTATGCTAcgct > 1:323541/1‑135 (MQ=255)ggCCGCCATGCTGGCTGAACTTGATACGCTTGGCCATCTCGCACTCCTGTAGTCGGGATCGGGAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTTGTATGCTAcgcg > 1:385652/1‑136 (MQ=255) tGCTGGCTGAACTGGATACGCTTGGCCATCTCGCACTCCTGTAGTCGGGATCGGGAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAAttc > 1:417872/1‑136 (MQ=255) gctgAACTGGATACGCTTGGCCATCTCGCACTCCTGTAGTCGGGATCGGGAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTccc < 2:191458/136‑1 (MQ=255) aTCTCGCACTCCTGTAGTCGGGATCGGTAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGAt < 1:318415/136‑1 (MQ=255) cGCACTCCTGTAGTCGGGATCGGGAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACt < 1:11740/136‑1 (MQ=255) cGCACTCCTGTAGTCGGGATCGGGAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACt < 1:14477/136‑1 (MQ=255) actactGTAGTCGGGATCGGGAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGc > 2:102216/1‑136 (MQ=255) gggatcgggaAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGcc > 1:121408/1‑136 (MQ=255) ggatcgggaAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTTGTATGCTACGCTGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCg < 2:323541/136‑1 (MQ=255) ggatcgggaAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTTGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCg < 2:385652/136‑1 (MQ=255) atcgggaAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTg > 1:116721/1‑136 (MQ=255) atcgggaAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTg > 1:117475/1‑136 (MQ=255) atcgggaAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTg > 2:492332/1‑136 (MQ=255) ttCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGc < 1:448728/136‑1 (MQ=255) ttCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGc < 1:50035/136‑1 (MQ=255) ttCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGc < 1:349062/136‑1 (MQ=255) cTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCTGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGCTc < 2:349015/136‑1 (MQ=255) gCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGCTCGACCTGCaa < 1:102216/136‑1 (MQ=255) gCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGCTCGACCTGCaa < 2:493051/136‑1 (MQ=255) tttGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCAGTTAAATCCTACCTGCTCGACCTGCAAGAc < 2:116721/136‑1 (MQ=255) ggTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGCTCGACCTGCAAGACCGCAtct < 2:468861/136‑1 (MQ=255) gtcAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGCTCGACCTGCAAGACCGCAtctgctctgc < 1:336427/136‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGCTCGACCTGCAAGACCGCATCTGCTCTGCCCTCg < 2:521888/136‑1 (MQ=255) gcgcgcTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGCTCGACCTGCAAGACCGCATCTGCTCTGCCCTCGAAACaga > 2:277718/1‑136 (MQ=255) | GGCCGCCATGCTGGCTGAACTGGATACGCTTGGCCATCTCGCACTCCTGTAGTCGGGATCGGGAAAGGCCTTCTATCGGACGCCTTTGCTTGGTCGTCGTCAACTGCGGCGCGCGCTGGCGGTGGTATGCTACGCGGCGAATTCTTCCCTGCCCGTTCCTGGTGACCCGATGACTAGCCGCACCGAGGCCGTGAAAGCCTACCTGCTCGACCTGCAAGACCGCATCTGCTCTGCCCTCGAAACAGA > NC_002947/83092‑83337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |