| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 722,225 | G→T | 20.0% | P176P (CCC→CCA) | PP_0616 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 722,225 | 0 | G | T | 20.0% | 47.8 / 2.5 | 20 | P176P (CCC→CCA) | PP_0616 | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/9); new base T (2/2); total (9/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.94e-01 | |||||||||||
CGTGATGCGCTGGCTGATCGACATGACAATGCTCATGTTGTGCTCGATCAGTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGCTGGCCGTGCGACAGTTCGCCCGCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCTCAGTTTCAGGCGCTCCA > NC_002947/722096‑722352 | cGTGATGCGCTGGCTGATCGACATGACAATGCTCATGTTGTGCTCGATCAGTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTTGGTTCg > 2:374031/1‑136 (MQ=255)cGTGATGCGCTGGCTGATCGACATGACAATGCTCATGTTGTGCTCGATCAGTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTTGGTTCg > 2:212003/1‑136 (MQ=255)cGTGATGCGCTGGCTGATCGACATGACAATGCTCATGTTGTGCTCGATCAGTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCg < 2:302275/136‑1 (MQ=255) tggctgATCGACATGACAATGCTCATGTTGTGCTCGATCAGTAGCACGGTATGCTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATCTCGTCGATGCCCAAGCCCGAAGTGAGTTCGTCAAGCATca > 2:454312/1‑136 (MQ=255) ttaTCGACATGACATTGCTCATGTTGTGCGCGTTCTGTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCTGGTCGGTCATCACCGGGAGGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATcagcag < 1:454312/134‑1 (MQ=255) aaTGCTCATGTTGTGCTCGATCAGTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGca > 2:400069/1‑136 (MQ=255) cGATCAGTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCAc > 1:410896/1‑136 (MQ=255) gATCAGTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACt > 1:315540/1‑136 (MQ=255) gTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAg < 1:351911/136‑1 (MQ=255) gTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAg < 2:315540/136‑1 (MQ=255) aTGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGc < 2:499124/136‑1 (MQ=255) gATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGCTGGCCGTGCGACAGTTcgccc > 1:351392/1‑136 (MQ=255) aTCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGCTGGCCGTGCGACAGTTcgcccg < 1:400069/136‑1 (MQ=255) cggtcATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATcagcag > 1:384415/1‑61 (MQ=255) cggtcATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATcagcag < 2:384415/61‑1 (MQ=255) gggATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTTGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGCTGGCCGTGCGACAGTTCGCCCGCCAGGGTTTCGGCACggg < 1:374031/136‑1 (MQ=255) gggATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTTGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGCTGGCCGTGCGACAGTTCGCCCGCCAGGGTTTCGGCACggg < 1:212003/136‑1 (MQ=255) gggATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGCTGGCCGTGCGACAGTTCGCCCGCCAGGGTTTCGGCACggg < 2:288879/136‑1 (MQ=255) ggATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGCTGGCCGTGCGACAGTTCGCCCGCCAGGGTTTCGGCACGGgc < 1:297553/136‑1 (MQ=255) cccGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGCTGGCCGTGCGACAGTTCGCCCGCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCTCAGTTTCAGGCGCTCCa > 2:382754/1‑136 (MQ=255) | CGTGATGCGCTGGCTGATCGACATGACAATGCTCATGTTGTGCTCGATCAGTAGCACGGTATGGTCGCGGCCAAGGTCGCTGATCAGGTCGGTCATCACCGGGATGTCGTCGATGCCCATGCCCGAAGTGGGTTCGTCAAGCATCAGCAGGGTGGGCTTGGCACAGATCGACATGCCCACTTCCAGCACCCTTTGCTGGCCGTGCGACAGTTCGCCCGCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCTCAGTTTCAGGCGCTCCA > NC_002947/722096‑722352 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |