| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 929,100 | C→G | 15.2% | D5509H (GAC→CAC) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 929,100 | 0 | C | G | 15.2% | 76.2 / 2.6 | 26 | D5509H (GAC→CAC) | PP_0806 | surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/7); new base G (2/2); total (17/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGGTACCGCCGTCGGCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACGGTACCGGCGCTGTTGCGCACGGTGACCGTGCTGCCGACCTGGCCAGAACCACTGACCGAGGTG > NC_002947/928967‑929230 | aGGGTACCGCCGTCGGCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTGGa > 1:262023/1‑136 (MQ=255)aGGGTACCGCCGTCGGCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTGGa > 1:259267/1‑136 (MQ=255)aGGGTACCGCCGTCGGCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGGGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGa > 1:282614/1‑136 (MQ=255) gccgTCGGCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGcgcc > 1:535470/1‑136 (MQ=255) cgTCGGCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGcgccgc > 1:75333/1‑136 (MQ=255) cGGCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGt > 2:351027/1‑136 (MQ=255) gCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCa > 1:137512/1‑136 (MQ=255) gCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCa > 1:50496/1‑136 (MQ=255) agcagGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCa > 2:190543/1‑136 (MQ=255) gTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAAc > 2:15239/1‑136 (MQ=255) gCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAgg > 1:290060/1‑136 (MQ=255) ccGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCTGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTtgct < 1:101889/136‑1 (MQ=255) ggTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGtt < 1:23291/136‑1 (MQ=255) ggTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGtt < 1:351027/136‑1 (MQ=255) gTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTGGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAg < 2:262023/136‑1 (MQ=255) gTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTGGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAg < 2:259267/136‑1 (MQ=255) gTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACgg < 1:31874/136‑1 (MQ=255) cgcAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACGGTACCg < 1:126647/136‑1 (MQ=255) gtgGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACGGTACCGGCGCTGTTgc < 1:421622/136‑1 (MQ=255) tACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTtgct < 2:88572/85‑1 (MQ=255) tACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTtgct > 1:88572/1‑85 (MQ=255) tGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACGGTACCGGCGCTGATGCGCACGGTGACCGTGCTGcc > 1:437900/1‑136 (MQ=255) tCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACGGTACCGGCGCTGTTGCGCACGGTGACCGTGCTGCCGa > 1:17599/1‑136 (MQ=255) tCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACGGTACCGGCGCTGTTGCGCACGGTGACCGTGCTGCCGa > 1:13559/1‑136 (MQ=255) cGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACGGTACCGGCGCTGTTGCGCACGGTGACCGTGCTGCCGACCTGGCCAGAAcc > 1:491014/1‑136 (MQ=255) gTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACGGTACCGGCGCTGTTGCGCACGGTGACCGTGCTGCCGACCTGGCCAGAACCACTGACCGAGGTg > 2:19452/1‑136 (MQ=255) | AGGGTACCGCCGTCGGCACTGAACAGCAGGTTGCCGGCAGCCGCAGGCGGGGTCAGGTCCGGTGCGGTCAGCGCAGTGCCTGTGGACACATTACCGGCGCTGTCGGTGAGGGTGACGCTGAGCGCCTGGTTGTCGATCTGCGCCGCAGTCAGGCTGACCACGAACAGGCCGTTGCTGCCCACCGTTGCGGTACCCAGTACGGTACCGGCGCTGTTGCGCACGGTGACCGTGCTGCCGACCTGGCCAGAACCACTGACCGAGGTG > NC_002947/928967‑929230 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |