Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,294,334 | A→G | 14.9% | S218G (AGC→GGC) | PP_1126 → | hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,294,334 | 0 | A | G | 14.9% | 59.1 / 3.6 | 28 | S218G (AGC→GGC) | PP_1126 | hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/10); new base G (2/2); total (16/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGCCGCTGGACCAGGGCATGCGCGCCGGCCCGCCGATGCCCTGGAACCATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCTGATTGATGCTTATGGCCAGTCGACTCGCGGTAACTGGCCCGAGAAGGTAT > NC_002947/1294202‑1294469 | tCGCCGCTGGACCAGGGCATGCGCGCCGGCCCGCCGATGCCCTGGAACCATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGcc < 2:512080/136‑1 (MQ=255) tCGCCGCTGGACCAGGGCATGCGCGCCGGCCCGCCGATGCCCTGGAACCATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGcc > 2:383008/1‑136 (MQ=255) ccgcTGGACCAGGGCATGCGCGCCGGCCCGCCGATGCCCTGGAACCATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCa < 1:235166/136‑1 (MQ=255) cAGGGCATGCGCGCCGGCCCGCCGATGCCCTGGAACCATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGgcgc > 2:90960/1‑136 (MQ=255) cATGCGCGCCGGCCCGCCGCTGCCCTGGAACCAAGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCCGCCCCAAGGTGGCGCAGAGc > 2:85400/1‑136 (MQ=255) gCCCGCCGATGCCCTGGAACCATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGa > 1:292826/1‑136 (MQ=255) aTGCCCTGGAACCATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCGGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCg > 2:380880/1‑136 (MQ=255) aTGCCCTGGAACCATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCGGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCg > 2:378139/1‑136 (MQ=255) ccATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCctgctg < 1:208687/112‑1 (MQ=255) ccATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCctgctg > 2:208687/1‑112 (MQ=255) tggtCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATgacgac > 2:519164/1‑136 (MQ=255) tggtCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATgacgac > 2:259770/1‑136 (MQ=255) tggtCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCACAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATgacgac < 1:383008/136‑1 (MQ=255) cAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCACAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGACGGTATCCAGGATGACGACCAgg > 2:534837/1‑136 (MQ=255) aGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGc > 1:110109/1‑136 (MQ=255) tttGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTTAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGggcg > 1:363257/1‑136 (MQ=255) ccAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTa < 2:433409/136‑1 (MQ=255) cagcGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCAc < 2:339607/136‑1 (MQ=255) gAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCGGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCtgat < 1:380880/136‑1 (MQ=255) gAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCGGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCtgat < 1:378139/136‑1 (MQ=255) gAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCtgat < 1:85400/136‑1 (MQ=255) aCCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCTGATTGATGCTTa > 2:364621/1‑136 (MQ=255) aaGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCTGATTGATGCTTATGGcc > 1:391362/1‑136 (MQ=255) gACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCTGATTGATGCTTATGGCCAGTCGACt < 1:90960/136‑1 (MQ=255) gACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCTGATTGATGCTTATGGCCAGTCGACt < 1:240344/136‑1 (MQ=255) aCCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCTGATTGATGCTTATGGCCAGTCGACTc > 1:528212/1‑136 (MQ=255) tCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATgacga > 1:459093/1‑77 (MQ=255) tCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATgacga < 2:459093/77‑1 (MQ=255) aGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCTGATTGATGCTTATGGCCAGTCGACTCGCGGTAACTGGCCCGAGAAGGTAt < 2:208634/136‑1 (MQ=255) aGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCTGATTGATGCTTATGGCCAGTCGACTCGCGGTAACTGGCCCGAGAAGGTAt > 1:20799/1‑136 (MQ=255) | TCGCCGCTGGACCAGGGCATGCGCGCCGGCCCGCCGATGCCCTGGAACCATGGTGGTCAGCGCCTCCTTTTGACCAGCAGCGCCGGAGCAGTCGACCTCAAGCAGGTGACCTCGGTCAGCCTGAGCATCCCCAGCCCCAAGGTGGCGCAGAGCCTGCTGATCGAGCGTGTCGGTATCCAGGATGACGACCAGGCGTACAGGGCGGCCTACCACGAGCTGATTGATGCTTATGGCCAGTCGACTCGCGGTAACTGGCCCGAGAAGGTAT > NC_002947/1294202‑1294469 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |