| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,560,480 | T→C | 100% | K109E (AAA→GAA) | PP_1366 ← | transcriptional regulator MvaT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,560,480 | 0 | T | C | 94.5% | 53.8 / ‑3.9 | 18 | K109E (AAA→GAA) | PP_1366 | transcriptional regulator MvaT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (11/6); total (12/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTG > NC_002947/1560353‑1560610 | aTGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCtt < 2:190726/136‑1 (MQ=255) ggCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTc < 2:520161/136‑1 (MQ=255) gCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCCCCTTTCAACCACGTCGCCCCCCCAAGTGGCTTCCCACACTTTCa > 2:464051/1‑136 (MQ=255) cagcGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATTCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCTACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGt < 1:139480/133‑1 (MQ=255) cGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGATGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCACAGCTTTCAACCACGTCGCCCCCCCAAGTGGCTTCCCACTCATTCAGGGACTTGTGGTTGCCGGCATTGGttatt > 2:139480/1‑133 (MQ=255) cGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGGGTATGGGGATAATAAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACACTTTAAGGGTCTTGTGGTTGGCGCCATTGGtttgg > 2:499174/1‑134 (MQ=255) gAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTtgtg > 1:371532/1‑136 (MQ=255) aTGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTg > 1:433808/1‑136 (MQ=255) cAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTtgc < 2:371532/136‑1 (MQ=255) cAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGACTTGTGGTTGCCGCCTTAGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTAGTATTGCTTGACCTtgc > 2:144899/1‑136 (MQ=255) agcagGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTtgcgtgcgg > 2:540789/1‑135 (MQ=255) gggTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCtt < 1:499174/136‑1 (MQ=255) aGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGAGCGCGCTTGGTGACGGt > 1:61133/1‑136 (MQ=255) cgccgcCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAAcc > 1:438584/1‑136 (MQ=255) cgccgcCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAAcc > 1:69237/1‑136 (MQ=255) cgccgcCCCAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAAcc > 1:383347/1‑136 (MQ=255) cAAGTGGCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTg > 1:327265/1‑136 (MQ=255) ggCTTCCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTg < 2:110164/136‑1 (MQ=255) | ATGGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTG > NC_002947/1560353‑1560610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |