| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,164,610 | G→T | 14.7% | M200I (ATG→ATT) | fabF → | beta‑ketoacyl‑ACP synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,164,610 | 0 | G | T | 14.7% | 102.4 / 4.0 | 34 | M200I (ATG→ATT) | fabF | beta‑ketoacyl‑ACP synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/13); new base T (2/3); total (18/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
CCACTGCGTGCACCACTGGCACCCATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTCCGACGGTGCCGGAGCCCTGGTGCTCGAGGAGCTGG > NC_002947/2164492‑2164743 | ccACTGCGTGCACCACTGGCACCCATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGTTGATCGCCGTTGGCGCCGAATGGGGAGCTTGTGGTCTGGGCGGGGGCGGTGTTGgcgggtg > 2:489804/1‑132 (MQ=255) cACTGCGTGCACCACTGGCACCCATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTcg > 1:404928/1‑136 (MQ=255) tGCGTGCACCACTGGCACCCATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTcgcgc < 1:50372/136‑1 (MQ=255) tGCGTGCACCACTGGCACCCATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTcgcgc < 2:380927/136‑1 (MQ=255) accacTGGCACCCATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTgg > 1:324800/1‑135 (MQ=255) acTGGCACACATTGCATCGGCATGTCCTCGCGCAATATCGCCAACGGTGAGGATGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCTCGCGCACTGTCTa > 1:142526/1‑136 (MQ=255) cccATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATTGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCaa > 1:44241/1‑136 (MQ=255) cccATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATTGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCaa > 1:46824/1‑136 (MQ=255) cccATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGACGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCaa > 1:87123/1‑136 (MQ=255) tGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATg > 1:68471/1‑136 (MQ=255) tGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATg > 1:529478/1‑136 (MQ=255) tGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATg > 1:470095/1‑136 (MQ=255) aTGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGcc > 1:531020/1‑136 (MQ=255) tGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCg > 2:522209/1‑136 (MQ=255) cAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAgccgc < 2:470095/136‑1 (MQ=255) gCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTggg < 1:489804/136‑1 (MQ=255) 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gatgatCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATTGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCttt < 2:535031/136‑1 (MQ=255) gatCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTa > 1:486931/1‑136 (MQ=255) ccGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATTGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCTGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTc < 2:44241/136‑1 (MQ=255) ccGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATTGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCTGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTc < 2:46824/136‑1 (MQ=255) cGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCCACCCGCAACGATGAACCCAGCCTGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTcc < 2:404928/136‑1 (MQ=255) gcgcCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTCCGACgg < 2:132261/136‑1 (MQ=255) gcgcCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTCCGACgg < 2:349377/136‑1 (MQ=255) cTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTCCGACGGTGCCGGAGCCCTGGt < 2:345874/136‑1 (MQ=255) tgtgGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGGCAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTCCGACGGTGCCGGAGCCCTGGTGc < 2:87123/136‑1 (MQ=255) tgGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTCCGACGGTGCCGGAGCCCTGGTGCTc > 1:259861/1‑136 (MQ=255) cATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTCCGACGGTGCCGGAGCCCTGGTGCTCGAGGAGCTg < 1:522209/136‑1 (MQ=255) aTGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTCCGACGGTGCCGGAGCCCTGGTGCTCGAGGAGCTgg > 1:63247/1‑136 (MQ=255) | CCACTGCGTGCACCACTGGCACCCATTGCATCGGCATGGCCGCGCGCAATATCGCCTACGGTGAGGCTGACGTGATGATCGCCGGTGGCGCCGAAATGGCCGCTTGTGGTCTGGGCATGGGCGGTTTTGGCGCTTCGCGCGCACTGTCTACCCGCAACGATGAACCCAGCCGGGCCAGCCGCCCGTGGGACAAGGGTCGTGACGGCTTTGTATTGTCCGACGGTGCCGGAGCCCTGGTGCTCGAGGAGCTGG > NC_002947/2164492‑2164743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |