| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1849128 | 0 (0.000) | 12 (0.830) | 11/236 | NT | 77.4% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | 2182694 = | 7 (0.480) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
CCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTC > NC_002947/2182559‑2182828 | gtttccaggttctggcgcacgtattcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcattgctgcccatggtcc < 1:48377‑M2/1‑1 (MQ=255) cGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTAGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTTAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAATGGTCCATACTGTGTGaa > 2:407553/1‑136 (MQ=255) cgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGccc < 1:20058‑M2/20‑1 (MQ=255) gtggcctggtcgatgctgtgttgcagttattcgtgtgcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGt < 2:244277‑M2/28‑1 (MQ=255) tggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAAcc > 2:68124‑M2/103‑136 (MQ=255) cgttcTCAGGTGTCCCAGGCACGAGTCCTGCGCCCCACGAAAGATGTCGAACAGAATCGACATCGATTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGAGTGAAAACCCCCGCGGATGTCCAACCtgc > 2:279061/1‑134 (MQ=255) ttcTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTg > 1:404264/1‑136 (MQ=255) tgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGa > 2:98031‑M2/88‑136 (MQ=255) tgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACCCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGa > 2:345391‑M2/88‑136 (MQ=255) tgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACaa < 1:210914‑M2/61‑1 (MQ=255) gcCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGATTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTCTGTGAAAACGCCCGCGGTTGACTAACCTACTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAAACATGaa > 2:265135/1‑136 (MQ=255) ttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATc < 1:68124‑M2/78‑1 (MQ=255) ggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGaa > 1:65509‑M2/56‑136 (MQ=255) ccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAgg > 2:227196‑M2/54‑136 (MQ=255) tCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGa < 2:23191/136‑1 (MQ=255) ggACCTCTTTTTCTTATACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGAGTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGaa < 1:407553/135‑1 (MQ=255) atgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGaa < 2:341926‑M2/94‑1 (MQ=255) cgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCa < 1:227196‑M2/98‑1 (MQ=255) aGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATtgg > 1:254736/1‑135 (MQ=255) tgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGGCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGga < 1:138666‑M2/125‑1 (MQ=255) atggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACt > 1:359804‑M2/7‑136 (MQ=255) cCAGACTGTGTTAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTc < 1:345391‑M2/135‑1 (MQ=255) cCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTc < 1:98031‑M2/135‑1 (MQ=255) | CCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTC > NC_002947/2182559‑2182828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |