| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 503,164 | G→T | 18.2% | S64S (TCG→TCT) | PP_0414 → | polyamine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 503,164 | 0 | G | T | 18.2% | 60.8 / 4.4 | 22 | S64S (TCG→TCT) | PP_0414 | polyamine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/9); new base T (2/2); total (11/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
TCTGCGGCTTGATCCTGCTGTTCCTGATCTTGCCAGTGCTGGTGATCGTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGCCATGGTGTTCGGCACGTTGGCGGCCATCGGCCTGACCCGTGGCGATTTCCCCGGCAAGTCGCTGGTGA > NC_002947/503031‑503294 | tctGCGGCTTGATCCTGCTGTTCCTGATCTTGCCAGTGCTGGTGATCGTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTtcggctcggc < 1:253259/136‑1 (MQ=255) ggCTTGATCCTGCTGTTCCTGATCTTGCCAGTGCTGGTGATCGTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAAt > 2:401771/1‑136 (MQ=255) gCTTGATCCTGCTGTTCCTGATCTTGCCAGTGCTGGTGATCGTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATg > 2:368055/1‑136 (MQ=255) gCTTGATCCTGCTGTTCCTGATCTTGCCAGTGCTGGTGATCGTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATg > 2:100467/1‑136 (MQ=255) ccTGCTGTTCCTGATCTTGCCAGTGCTGGTGATCGTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGAtgcgt < 1:197415/136‑1 (MQ=255) tgctgTTCCTGATCTTGCCAGTGCTGGTGATCGTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGAtgcgtgc > 2:326133/1‑136 (MQ=255) cTTGCCAGTGCTGGTGATCGTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGc > 1:73362/1‑136 (MQ=255) gTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTTTCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGATAAACAGCATCATCGTTGCCCcggcgg < 2:253598/136‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCcggcgg < 2:271959/136‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCcggcgg < 2:29422/136‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACg < 1:401771/136‑1 (MQ=255) cAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCTGCCGAATGGATGCGTGCGTTGaaaaa < 1:263013/99‑1 (MQ=255) cAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCTGCCGAATGGATGCGTGCGTTGaaaaa < 1:69732/99‑1 (MQ=255) cAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCTGCCGAATGGATGCGTGCGTTGaaaaa > 2:69732/1‑99 (MQ=255) cAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCTGCCGAATGGATGCGTGCGTTGaaaaa > 2:263013/1‑99 (MQ=255) cAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGcc < 2:397700/136‑1 (MQ=255) cAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGCCATGGTGTTc > 2:226919/1‑136 (MQ=255) aTCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGCCATGGTGTTCGGCACGTTggcggc < 1:226919/136‑1 (MQ=255) gACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAAGAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGCCATGGTGTTCGGCACGTTGGCTGCCATCGGCCTGACCCGTGGCGATTTCCCCGGCAAGt < 2:302179/136‑1 (MQ=255) ttcGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGCCATg > 2:284035/1‑75 (MQ=255) ttcGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGCCATg < 1:284035/75‑1 (MQ=255) ttcGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGCCATGGTGTTCGGCACGTTGGCGGCCATCGGCCTGACCCGTGGCGATTTCCCCGGCAAGTCGCTgg > 2:239151/1‑136 (MQ=255) ttcGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGCCATGGTGTTCGGCACGTTGGCGGCCATCGGCCTGACCCGTGGCGATTTCCCCGGCAAGTCGCTgg > 2:101461/1‑136 (MQ=255) cggctcggcCGAATGGATGAGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCACGGCGG‑CAAGGTGCTGGCCATGGTGTTAGTCACGTTGGCGGCCATCGGCCTGACCCGTGGCGATTTCCCCGGCAAGTCGCTGGTGa > 1:261190/1‑136 (MQ=255) | TCTGCGGCTTGATCCTGCTGTTCCTGATCTTGCCAGTGCTGGTGATCGTGCCGCTGTCGTTCAACAGTGGCAGCTTCCTGGTGTATCCGCTGCAGGGCTTCTCGCTGCAGTGGTATCAGGACTTCTTCGGCTCGGCCGAATGGATGCGTGCGTTGAAAAACAGCATCATCGTTGCCCCGGCGGCCACGGTGCTGGCCATGGTGTTCGGCACGTTGGCGGCCATCGGCCTGACCCGTGGCGATTTCCCCGGCAAGTCGCTGGTGA > NC_002947/503031‑503294 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |