Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,147,979 | T→C | 10.5% | L54L (TTG→CTG) | arcD‑II → | arginine/ornithine antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,147,979 | 0 | T | C | 10.5% | 104.6 / 4.7 | 38 | L54L (TTG→CTG) | arcD‑II | arginine/ornithine antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/21); new base C (2/2); total (15/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
CTGGGCGCGCTGATCGCGCTGGTGGTCGGGTCGATGATTGGCGGCGGGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCGGCTTTGGCGAGTACATGGGCTTTTCCTCGGCCTGGGGCTACTGGATCAGCGCCT > NC_002947/1147847‑1148114 | cTGGGCGCGCTGATCGCGCTGGTGGTCGGGTCGATGATTGTCGGCGGGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTgg < 1:212174/136‑1 (MQ=255) cTGGGCGCGCTGATCGCGCTGGTGGTCGGGTCGATGATTGGCGGCGGGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTgg < 1:375601/136‑1 (MQ=255) tGATCGCGCTGGTGGTCGGGTCGATGATTGGCGGCGGGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCtt < 2:146490/136‑1 (MQ=255) gcgcTGGTGGTCGGGTCGATGATTGGCGGCGGGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCgtgt < 1:282820/136‑1 (MQ=255) gggcggGATCTTCTCGCTGCAGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGTGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGccc < 1:150567/135‑2 (MQ=255) ggcggGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCgg > 1:12369/1‑136 (MQ=255) gcggGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCCGa < 2:374794/136‑1 (MQ=255) gcggGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCCGa < 2:310937/136‑1 (MQ=255) gcggGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCCGa < 1:328021/136‑1 (MQ=255) ggggATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGaa < 2:404295/135‑1 (MQ=255) ttctCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACt < 1:405097/136‑1 (MQ=255) cGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCggg < 2:140588/136‑1 (MQ=255) ccGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGTCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCaa > 2:154720/1‑136 (MQ=255) ccGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCg < 2:222201/104‑1 (MQ=255) ccGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCg > 1:222201/1‑104 (MQ=255) ccGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCggggg > 1:405059/1‑120 (MQ=255) ccGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCggggg < 2:405059/120‑1 (MQ=255) ccGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCaa > 2:208200/1‑136 (MQ=255) ccGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCaa > 1:36737/1‑136 (MQ=255) ccGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCaa > 1:246987/1‑136 (MQ=255) ccGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGAGTTCCAGACCCTGCCCAACCCCAAGCCGGAACTGGACTCGGCTGTATAAGCCTACGCCaa > 1:8529/1‑136 (MQ=255) gcgcgTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAgg > 1:410228/1‑136 (MQ=255) gcgcgTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAgg > 1:344024/1‑136 (MQ=255) cgcgTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCCGa > 2:203497/1‑103 (MQ=255) cgcgTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCCGa < 1:203497/103‑1 (MQ=255) ggCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGTCTTGTTGGCCCTTGCCTTCGTGTTCCAGAGCCTGGCCTACCGCATGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCGGCTTTGGCGAGt < 2:387779/136‑1 (MQ=255) ggCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCGGCTTTGGCGAGt < 2:1473/136‑1 (MQ=255) gTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCGGCTTTGGCGAGTACATgg < 2:12369/136‑1 (MQ=255) aTCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCGGCTTTGGCGAGTACATGGGCtttt < 2:302949/136‑1 (MQ=255) ggCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCgg > 1:231611/1‑110 (MQ=255) ggCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCgg < 2:231611/110‑1 (MQ=255) ggCTGGGCGATCACCGCAGTCGGCATGCTGACCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCgg > 2:81447/1‑110 (MQ=17) ggCTGGGCGATCACCGCAGTCGGCATGCTGACCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCgg < 1:81447/110‑1 (MQ=17) ggCTGGGCGATCACCGCAGTCGGCATGCTGACCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCg > 1:323196/1‑109 (MQ=17) ggCTGGGCGATCACCGCAGTCGGCATGCTGACCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCg < 2:323196/109‑1 (MQ=17) ccGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGTCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCGGCTTTGGCGAGTACATGGGCTTTTCCTCGGCCTGGGGCTa < 1:154720/136‑1 (MQ=255) cagTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCaa > 1:20935/3‑46 (MQ=255) cagTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCaa < 2:20935/44‑1 (MQ=255) ttGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCGGCTTTGGCGAGTACATGGGCTTTTCCTCGGCCTGGGGCTACTCGATCAGCGAct > 2:217110/1‑136 (MQ=255) | CTGGGCGCGCTGATCGCGCTGGTGGTCGGGTCGATGATTGGCGGCGGGATCTTCTCGCTGCCGCAGAACATGGCCGCGCGTGCTGATGTGGGCGCAGTGCTGATCGGCTGGGGGATCACCGCGGTCGGCATGTTGGCCCTGGCCTTCGTGTTCCAGACCCTGGCCAACCGCAAGCCGGAACTGGACTCGGGGGTATATGCCTACGCCAAGGCCGGCTTTGGCGAGTACATGGGCTTTTCCTCGGCCTGGGGCTACTGGATCAGCGCCT > NC_002947/1147847‑1148114 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |