| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,507,474 | C→T | 20.0% | G142S (GGC→AGC) | tas ← | NAD(P)‑linked reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,507,474 | 0 | C | T | 20.0% | 39.3 / 5.0 | 20 | G142S (GGC→AGC) | tas | NAD(P)‑linked reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/7); new base T (2/2); total (11/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
CACGGCGTTTCGTTGGACAGGCCGATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAGCGCCGCGACGATGTGCTGACGGTTGTGCTTGAGCTGCCCGTCACG > NC_002947/1507347‑1507603 | cACGGCGTTTCGTTGGACAGGCCGATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGt > 1:14844/1‑136 (MQ=255)cACGGCGTTTCGTTGGACAGGCCGATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGt > 1:351174/1‑136 (MQ=255) gCCGATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAg > 2:110938/1‑136 (MQ=255) gATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGc < 1:110938/136‑1 (MQ=255) gATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGc < 1:172609/136‑1 (MQ=255) gATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGc < 1:225126/136‑1 (MQ=255) gATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGc > 1:410001/1‑136 (MQ=255) gATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGc > 1:411895/1‑136 (MQ=255) ggCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTg < 2:296249/136‑1 (MQ=255) gcacgcacCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGc < 2:14844/136‑1 (MQ=255) gcacgcacCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGc < 2:351174/136‑1 (MQ=255) cGAGGCTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTCATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTAGCCGAAGAAGTTGCAGCTGCGCTCTGTCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATTCGGTCGGTATGCAGGCGCTTGAGGCt > 2:25121/1‑136 (MQ=255) tcCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCTGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAgcg > 1:160435/1‑136 (MQ=255) tcCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCTGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAgcg > 1:205558/1‑136 (MQ=255) gAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAGCGCCGCGACGAtg > 2:355956/1‑136 (MQ=255) ggTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAGCGCCGCGACGATGTGCTGACGGTTGTGCTTGAGCTg > 2:43698/1‑136 (MQ=255) gCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAGCGCCGCGACGATGTGCTGACGGTTGTGCTTGAGCTGCCCg > 1:105837/1‑136 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAGCGCCGCGACGATGTGCTGACGGTTGTGCTTGAGCTGCCCGTCACg < 2:205558/136‑1 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAGCGCCGCGACGATGTGCTGACGGTTGTGCTTGAGCTGCCCGTCACg < 2:160435/136‑1 (MQ=255) gCTTGCCGATGAAGTTGGTGCTGCGCTCGGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAGCGCCGCGACGATGTGCTGACGGTTGTGCTTGAGCTGCCCGTCACg < 1:415821/136‑1 (MQ=255) | CACGGCGTTTCGTTGGACAGGCCGATGTGGCGGATCTTGCCCGCACGCACCTGCTCGTCGAGCACTTCGAGGGTTTCTTCCAGTGGGGTGAAGTGATCCTGCGGCAGGTGCTGGTAGCCCAGCTTGCCGAAGAAGTTGGTGCTGCGCTCTGGCCAGTGCAACTGGTACAGGTCGATGCGGTCGGTTTGCAGGCGCTTGAGGCTTTCTTCCAGCGCCGCGACGATGTGCTGACGGTTGTGCTTGAGCTGCCCGTCACG > NC_002947/1507347‑1507603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |